嘉庆元年，河决丰汛，刷开南运河佘家庄堤，由丰、沛北注金乡、鱼台，漾入微山、昭阳各湖，穿入运河，漫溢两岸。是冬，漫口塞，凌汛复蛰陷。次年，东西两坝并蛰，二月工始竣。自丰工决后，若曹工、睢工、衡工，几于无岁不决。九年，因山东运河浅塞，大加濬治；又预蓄微山诸湖水为利运资。然自是以后，黄高于清，漕艘转资黄水浮送，淤沙日积，利一而害百矣。十二年，仓场侍郎德文等请挑修张家湾正河，堵筑康家沟以复运道，御史贾允升请挑濬减河，均下直督温承惠勘办。承惠请濬温榆河上游。上命侍郎托津、英和偕德文等覆勘。寻奏言：“频年漕运皆藉温榆下游倒漾之水，以致泥沙淤积。若从上游深挑，直抵石坝，实为因势利导。惟地势高下，须逐细测量，俾全河毫无滞碍方善。”制可。
十三年，通州大水，康家沟坝冲决成河，张家湾河道遂淤。仓场侍郎达庆请来年粮艘由康家沟试行一年，暂缓挑复张家湾河身。上命尚书吴璥往勘，与达庆议合，遂允之。明年，御史史祜言，康家沟河道难行，请复张家湾正河。下直督温承惠。承惠言：“康家沟溜势奔腾，漕船逆流而上，大费纤輓。该处地势正高，恐旱乾之岁，河水一泻无馀，漕行更为棘手。惟张家湾两岸沙滩，坝基难立，而正河积淤日久，挑濬亦甚不易。”上复遣工部尚书戴均元往勘，亦言坝基难立，且时日已迫，恐河道未复，漕运已来，请仍由康家沟行，再察看一年酌定。如所请行。时淮、扬运河三百馀里浅阻，两淮盐政阿克当阿请俟九月内漕船过竣，堵闭清江三坝，筑坝断流，自清江至瓜洲分段挑濬。下部议。覆称：“近年运河浅阻，固由叠次漫口，而漫口之故，则由黄水倒灌，倒灌之故，则由河底垫高，清水顶阻，不能不借黄济运，以致积淤溃决，百病丛生。是运河为受病之地，而非致病之原。果使清得暢出敌黄，并分流济运，则运口内新淤不得停留，旧淤并可刷涤。若不除倒灌之根，而亟亟以挑濬运河为事，恐旋挑旋淤，运河之挑濬愈深，倒灌之势愈猛，决堤吸溜，为患滋多。”命尚书托津等偕河督勘办。十八年，漕督阮元以邳、宿运河闸少，水浅沙停，请于汇泽闸上下添建二闸。下江督百龄核奏。
道光元年，山东河湖山水并发，戴村坝迤北堤埝漫决六十馀丈，草工刷三十馀丈，四女寺支河南岸汶水旁泄处三。用巡抚姚祖同言，于正河旁旧河形内抽沟导水济运，兼顾湖潴。三年，漫直隶王家庄，由各汛赔修。是岁添筑戴村坝北官堤碎石坝四。四年，侍讲学士潘锡恩陈借黄济运之弊，略言：“蓄清敌黄，为相传成法。今年张文浩迟堵御黄坝，致倒灌停淤，酿成巨患。若更引黄入运，河道淤满，处处壅溢，恐有决口之患。”下尚书文孚等妥议。
自嘉庆之季，黄河屡决，致运河淤垫日甚，而历年借黄济运，议者亦知非计，于是有筹及海运者。五年，上因漕督魏元煜等筹议海运，群以窒碍难行，独大学士英和有通筹漕、河全局，暂雇海船以分滞运，酌折漕额以资治河之议，下所司及督抚悉心筹画。卒以黄、运两河受病已深，非旦夕所能疏治，诏于明年暂行海运一次。
新授两江总督琦善言：“臣抵清江，即赴运河及济运、束清各坝逐加履勘。自借黄济运以来，运河底高一丈数尺，两滩积淤宽厚，中泓如线。向来河面宽三四十丈者，今只宽十丈至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，并有深不及五寸者。舟只在在胶浅，进退俱难。济运坝所蓄湖水虽渐滋长，水头下注不过三寸，未能暢注。淮安三十馀里皆然，高、宝以上之运河全赖湖水，其情大可想见。请饬河、漕二臣将河面淤垫处展挑宽深，再放湖水，藉资輓送，以期不误北上期限。”上以“借黄济运，原系权宜办理，孙玉庭察看漕艘挽运艰难，不早陈奏变计，魏元煜旧任漕督，及与颜检坐观事机败坏，隐忍不言，糜帑病民，是诚何心？令将运河淤垫一律挑深，费由玉庭、元煜、检分赔。”琦善又言，自御黄坝堵闭，运河淤垫不复增高，而洪湖清水蓄至丈馀，各船可资浮送，不敢冒昧挑濬。工费至省在百万外，玉庭等罄其所有，断无如许家资。更可虑者，欲濬运河，必先堵束清坝，阻绝来源，而后可以涸底挑办。现湖水下注湍急，束清坝外跌塘甚深，又系清水，不能挂淤闭气。设正事兴挑，而束清坝臌开，则工废半途，费归虚掷。请停止里、扬运河挑工，以免草率而节糜费。”允之。是年，筑温榆河上游果渠村坝埽。七年，东河总督张井、副总河潘锡恩请修复北运河刘老涧石滚坝、中河南纤堤、扬粮二东西纤堤及堤外石工，移建昭关坝。上遣英和等驰勘，乃定移昭关坝于其北三元宫之南，馀如所请行。
十一年，高邮湖河漫马棚湾及十四堡，湖河连为一。江督陶澍请依嘉庆间故事，运河决口，重空粮艘均绕湖行。八月，十四堡塞。冬，马棚湾塞。先是澍抚苏时，以镇江运河并无水源，祗恃江潮浮送，下练湖湮塞已久，移建黄泥闸于张官渡以当湖之下流，俾得擎托湖流，使之回漾，稍济江潮之不逮，曾著成效。至十四年迁江督，复偕巡抚林则徐相度，于湖顶冲之黄金坝及东冈筑两重蓄水坝，培圩埂二千八百八十丈，使水得入湖。又建减水石坝二于湖之东堤，俾可宣泄暴涨。于入运处修复念七家古涵，以作水门，并建石闸以放水济运。是冬工竣，由涵引水出，竟能倒漾上行数十里，军船得衔尾而南。越二年，溜势变迁，河形湾曲，复移建黄泥闸于迤上二百丈，改为正越二闸，中建矶心，并改张官渡迤下六十里吕城闸为正越二闸，以利漕行。十五年，移筑囊沙引渠沙坝于西河漘外，以资收蓄，从东河总督吴邦庆请也。
十八年，运河浅阻，用河督栗毓美言，暂闭临清闸，于闸外添筑草坝九，节节擎蓄，于韩庄闸上硃姬庄迤南筑拦河大坝一，俾上游各泉及运河南注之水，并拦入微山湖。定收潴济运章程六。十九年，毓美以戴村坝卑矮，致汶水多旁泄，照旧制增高之。初，给事中成观言淮、扬芒稻闸、人字河不宜堵坝，阻水去路，下陶澍等议。至是覆称：“此坝蓄水由来已久，并不拦阻众水归江，不得轻议更张。”从之。时卫河浅涩，难以济运。东抚经额布请变更三日济运、一日灌田例。诏将百门泉、小丹河各官渠官闸一律暢开，暂避民渠民闸，如有卖水阻运盗挖情弊，即行严惩。明年，漕督硃澍复言：“卫河不能下注，有妨运道。”命河督文冲、豫抚牛鉴察勘。文冲等言：“卫河需水之际，正民田待溉之时。民以食为天，断不能视田禾之枯槁置之不问。嗣后如雨泽愆期，卫河微弱，船行稍迟，毋庸变通旧章。倘天时亢旱，粮船阻滞日久，是漕运尤重于民田，应暂闭民渠民闸，以利漕运。”从之。
咸丰元年，甘泉闸河撑堤溃塌三十馀丈，河决丰县，山东被淹，运河漫水，漕艘改由湖陂行。先是户部尚书孙瑞珍言十字河为全漕之害，若于河西改宽新河，以旧河为囊沙，于彭口作滚坝，纳浊水而漾清流，漕船无阻，可省起剥费二十万。下东河总督颜以燠议。至是以燠言：“改挖新河事无把握，无庸轻议更张。”报闻。二年，决北运河北寺庄堤，命尚书贾桢、侍郎李钧勘堵，并改次年漕粮由海道运津。自是遂以海运为常。同治而后，更以轮舶由海转运，费省而程速，虽分江北漕粮试行河运，然分者什一，藉保运道而已。五年，铜瓦厢河决，穿运而东，堤埝冲溃。时军事正棘，仅堵筑张秋以北两岸缺口。民埝残缺处，先作裹头护埽，黄流倒漾处筑坝收束，未遑他顾也。十年，决淮扬马棚湾。
同治五年，决清水潭。八年，河决兰阳，漫水下注，运河堤埝残缺更甚。自张秋以北，别无来源，历年惟借黄济运而已。九年，漕督张之万请于黄流穿运处坚筑南北两堤，酌留运口为漕船出入门户，并筑草坝，平时堵闭以免倒灌。已下所司议，之万旋改抚江苏，继任张兆栋以“既筑堤束水留口门，又筑坝堵闭，恐过水稍滞，而上游一气奔注，新筑堤闸难当冲激。设夺运北趋，则东昌、临清暨天津、河间，淹没在所必至，北路卫河亦将废坏。惟有于郓城沮河一带遏黄东流，即以保南路之运道，于张秋、八里庙等处疏运河之淤垫，即以通北上之漕行，较之筑堤束水，稍有实际”。制可。“)