四年，齐苏勒改种家渡南之旧彭口于十字河，而彭口沙壅积如故。先是侍郎蒋陈锡疏陈漕运事宜，上命内阁学士何国宗等勘视豫东运道，至是覆称：“山东运河必赖湖水接济，请将安山湖开濬筑堤；南旺、马踏诸堤及关家坝俱加高培厚，建石闸以时启闭；其分水口两岸沙山下，各筑束水坝一；汶水南戴村坝应加修筑；建坎河石坝于汶水北；恩县四女寺应建挑坝一；专平运河西岸修复进水关二，东岸建滚坝一；濮州沙河会赵王河处，旧有土坝引河，应修筑开濬，其河西州县，听民开通水道，汇入沙河，于运道民生，均有裨益；武城及恩县北岸，各挑引河一。河南运河自北泉而下，历仁、义、礼、智、信五闸，遏水旁注，愚民不无截流盗水之弊。请拆去五闸，于泉池南口建石堰一，开口门三，分为三渠，筑小堤使无旁泄；东西各开一渠，渠各建五闸，分溉民田。小丹河自清化镇下应开濬筑小堤，河东一里开水塘一，石闸三，分为三渠，以小丹河为官渠，东西各一为民渠。其洹河石坝皆已湮废，宜增修为挑坝。诸泉源应各开深广，入卫济运。”下所司议行。五年，东抚塞楞额以柳长河日见淤浅，虽一带相连，而中有金钱岭分隔，特开引河二，一从岭北注安山入湖，一从岭南出闸口济运。
八年，河督嵇曾筠言：“宿迁骆马湖旧有十字河口门，引湖济运，兼以刷黄。嗣湖水微弱，恐黄倒灌，堵闭河口，又于西宁桥迤西建拦湖坝，因是湖水不通，专资黄济运，致中河之水挟沙淤垫。今秋山水暴涨，去路遏塞，漫溢横出。请复十字河旧口门，俾湖水入中河，刷深运道，拦湖坝酌量开宽，俾上游之水，由六塘河入海。”从之。是年始设黄、运两岸守堤堡夫，二里一堡，堡设夫二，住堤巡守，远近互为声援。
九年，兼总河田文镜言：“汶南流济运，向有玲珑及乱石、滚水三坝。伏秋盛涨，水由滚坝入盐河，沙由玲珑、乱石洞隙随水滚泻。自何国宗于三坝内增建石坝，涓滴不通，既无尾闾泄水，又无罅隙通淤，致汶挟沙入运，淤积日高。请改坝为徬，建矶心五十六，中留水门五十五，安徬板以资宣泄。又以不能启闭，别筑土堤，名春秋坝。”如所请行。十一年，东抚岳濬言：“东省水櫃，旧有东平之安山湖废闸四。自国宗议复安山湖水櫃，重筑临河及圈湖堤，修通湖、蛇沟二闸，并于八里湾、十里铺两废闸间建石闸一，曰安济闸，俱经修竣，仍不能蓄水济运。缘湖底土疏，非圈堤所能收蓄，均宜修防。其圈湖堤缺，概停补筑，以免糜费。”从之。十二年，直督李卫以故城与山东德州、武城毗连，系河流东注转湾处，向无堤埝，水涨漫溢，劝谕民间儹修土埝，量给食米，以工代赈。东抚岳濬以德州河溜顶冲，于东岸挑新河、建滚坝，两岸各筑遥堤，酌开涵洞，以资宣泄。
乾隆二年，御史马起元言：“直、东运河，近多淤塞。”尚书来保言：“卫水济运灌田，请饬详查地势，使漕运不阻，民田亦资灌溉。”上命侍郎赵殿最、侍卫安宁，会同直、漕、河三督，豫、东两抚勘奏。经部议：“东省泉源四百三十九，无不疏通，闸坝亦完固，惟戴庙、七级、柳林、新店、师庄、枣林、万年、顿庄各闸，或雁翅潮蛰，或面石裂缝，两岸斗门涵洞，有满家三空桥雁翅低陷，石闸面太低，应交河督兴修。又马踏、蜀山、马场、独山、微山诸湖，严禁占种芦苇，南旺、南阳、昭阳诸湖水櫃，仅堪泄水，小清河久淤塞，均宜次第修治。至卫水济运灌田，宜于馆陶、临清各立水则一，测验浅深，以时启闭。”起元又言，通州至天津河路多淤浅，粮艘不便。命殿最偕顾琮勘议。寻议天津溯流而上，设有兵弁，无官管辖。应增置漕运通判一，驻张家湾，专司疏濬；把总二，外委四，听通判调遣。又普济寺等四闸属通州，增置吏目一，庆丰等七闸属大兴，增置主簿一，遇应开挑处，报坐粮覈实修濬。用鄂尔泰言，建独流东岸滚坝，并开引河，注之中塘洼，以免静海有羡溢之虞，并减天津三汊口争流之势。是岁，大挑淮、扬运河，自运口至瓜洲三百馀里。
三年，河督白锺山言：“卫河水势，惟在相机启闭。殿最前奏设馆陶、临清二水闸，可不必立。嗣雨水调匀，百泉各渠闸照旧官民分用。傥值水浅涩，即暂闭民渠民闸以利漕运。或河水充暢，漕艘早过，官渠官闸亦酌量下板以灌民田。”是年，修复三教堂减坝，挑濬淤填支河，使泄水入马颊河。又于三空桥旧址修减坝，仍挑通支河，使泄水入徒骇河。增建裴家口东南涵洞二，修筑房家口上下堤岸、马家闸土堤，及自峄县台庄迄临清板闸运堤八百里纤道，亦资障护濒河田庐。
先是疏濬毛城铺河道时，高斌以黄流倒灌，移运口于上游七十馀丈，与三汊河接。次年，黄仍灌运，论者多谓新开运口所致，特命大学士鄂尔泰相度。旋言：“运口直对清口，湖水由裴家场引河东北直趋清口，入运之水仍系回流平缓；惟新口外挑水坝稍短，清水盛旺，或恐溜宽，宜再筑长坝，不必仍旧开口。惟旧河直捷，新河纡曲，今新建闸坝未开，漕船应行旧河，以利挽运。新河于天妃闸下重建通济、福兴二闸，随时启闭。每岁漕船过后，河水充溢，则开放新河以分水势，湖水涨溢，则闭旧河及新河闸以待水消，庶新旧两河可以交用。”
鄂尔泰又言：“详勘漳河故道，一自直隶魏县北，经山东丘县城西，至效口村会滏阳河，入大陆泽，下会子牙河，由天津入海。一由魏县北老沙河，自潘尔庄经丘县城东，历清和、武城、景州、阜城各地，过千顷洼，入运归海。丘县城西故道去卫河较远，旧迹既淹，开通匪易。且滏阳河下会子牙河，全漳之水亦难容纳。惟老沙河即古马颊河，河形宽阔，于此挑复故道，自和尔寨村东承漳河北折之势，开至漳洞村，归入旧河，势顺工省。即于新挑河头下东流入卫处建闸，如卫水微弱，则启以济运，卫水足用，则闭闸使归故道；再于青县下酌建闸坝，临清以北运道可免淤垫，青县以下田庐永无浸淹。应饬直、东两省会勘估修。”五年，改山东管河道为运河道，专司蓄泄疏濬闸坝事，仍管河库，从白锺山请也。
二十二年，添建高邮东堤石坝，酌定水则，视水势大小以为启闭。巡漕给事中海明言：“江南运河，惟桃源之古城砂礓，溜滩湾沙积，黄河以南，惟扬州之湾头闸至范公祠三千三百馀丈间段阻浅，均应挑濬。镇江至丹徒、常州，水本无源，恃江潮灌注，冬春潮小则浅。加以每日潮汐易淤，两岸土松易卸，应六年大挑一次，否则三年亦须择段捞浅。丹徒两闸以下，常州之武进等县，亦间段浅滞，均应一律挑濬。”诏：“挑河易滋浮冒，宜往来查察，毋得属之委员。”
二十四年，命海明及河督张师载、东抚阿尔泰会勘直、东运河。初，运河水涨，漫溢德州等处，景州一带道路淤阻。至是，海明等言：“漳、卫二河，伏秋盛涨，宜旁加疏泄。自临清至恩县四女寺二百五十馀里，河身盘曲，临清塔湾东岸原有沙河一，即黄河遗迹，由清平、德州、高唐入马颊河归海。请开挑作滚水石坝，使汶、卫合流，分泄水势。四女寺、哨马营两支河，原系旁泄汶、卫归海之路，请将狭处展宽，以免下游德州等处冲溢。”二十五年，巡漕给事中耀海偕师载言：“南旺以北仅马踏一湖，水患不足。独山湖有金线闸，水祗南流，利济闸水可北注。请移金线闸于柳林闸北，使独山诸湖全注北运河。”制可。二十七年，以鱼台辛庄桥北旧有泄水口二，口门刷深，难以节制，允师载等请改建滚坝一。是岁，挑德州西方菴对岸引河，自魏家庄至新河头，长四十丈，建筑齐家庄挑溜埽坝，接筑清口东西坝，修李家务石闸。二十八年，用阿尔泰言，于临清运河逼近村庄处开引河五，以分水势。
三十三年，黄水入运，命大学士刘统勋等往开临黄坝，以泄盛涨，并疏濬运河淤浅。三十七年，河督姚立德言：“泗河下流董家口向建石坝分泄，今泗水南趋，转为石坝所累。请拆去，并展宽孟家桥旧石桥。”如所请行。五十年，命大学士阿桂履勘河工。阿桂言：“臣初到此间，询商萨载、李奉翰及河上员弁，多主引黄灌湖之说。本年湖水极小，不但黄绝清弱，至六月以后，竟至清水涓滴无出，又值黄水盛涨，倒灌入运，直达淮、扬。计惟有借已灌之黄水以送回空，蓄积弱之清水以济重运。查本年二进粮艘行入淮河，全藉黄水浮送，方能过淮渡黄，则回空时虽值黄水消落，而空船吃水无多，设法调剂，似可衔尾遄行。”借黄济运，自此始也。五十一年，运河盛涨，致淮安迤下东岸泾河泄水石闸墙蛰底翻，难资启闭。越五年，山阳、宝应士民修复之。“)