清初，都运漕粮官吏，参酌明制。总理漕事者为漕运总督。分辖则有粮储道。监兑押运则有同知、通判。趱运则有沿河镇道将领等官。漕运总督驻淮南，掌佥选运弁、修造漕船、派拨全单、兑运开帮、过淮盘掣、催趱重运、查验回空、覈勘漂流、督催漕欠诸务，其直隶、山东、河南、江西、江南、浙江、湖广七省文武官吏经理漕务者皆属焉。粮道，山东、江安、苏松、江西、浙江、湖北、湖南各一。河南以开归盐驿道兼理。粮道掌通省粮储，统辖有司军卫，遴委领运随帮各官，责令各府清军官会同运弁、佥选运军。兑竣，亲督到淮，不得委丞倅代押。如有军需紧要事件，须详明督抚、漕臣，方许委员代行其职务。
监兑，旧以推官任之。推官裁，改委同知、通判。山东以武定同知，东昌清军同知，济南、兗州、泰安、曹州四通判，济宁、临清两直隶州同；河南以归德、卫辉、怀庆三通判；江南以江宁、苏州督粮同知，松江董漕同知，凤阳同知，苏州、扬州、庐州、太平、池州、宁国、安庆、常州八管粮通判，太仓州临时添委丞倅一；浙江以湖州同知，杭州局粮通判，嘉兴通判；江西以南昌、吉安、临江三通判；淮北、湘南每年于通省同知、通判内详委三员，监兑。江西、湖广、安徽监兑押淮之员寻裁。
凡开兑，监兑官须坐守水次，将正耗行月搭运等米，逐船兑足，验明米色纯洁，面交押运官。粮船开行，仍亲督到淮，听总漕盘验。粮数不足、米色不纯者，罪之。道、府、不揭报，照失察例议处。意存袒护，照徇庇例议处。
押运本粮道之职，但粮道在南董理运务，无暇兼顾。江、浙各粮道，止令督押到淮盘验，即回任所。总漕会同巡抚遴委管粮通判一，专司督押，约束运军，防范侵盗攙和等弊。山东、河南通判各一，江南七，浙江三，江西二，湖北、湖南各一。后因通判官卑职微，复令粮道押运。其漕船回空，仍令通判管押。过淮必依定限，如有迟误，照重运违限例议处。江南、浙江、江西寻复通判押运之制。
押运同知、通判抵通后，出具粮米无亏印结，由仓场侍郎送部引见。粮道押运三次，亦准督抚咨仓场侍郎送部引见。其员弁绅董随同押运到通，并准择尤保奖，以昭激劝。其后各省大吏往往藉漕运保举私人，朝廷亦无由究诘也。
淮北、淮南沿河镇道将领，遇漕船入境，各按汛地驱行，如催趱不力，听所在督抚纠弹。江南京口、瓜洲渡江相对处，令镇江道督率文武官吏催促，并令总兵官巡视河干，协催过江。总兵裁，改由副将管理。雍正三年，巡漕御史张坦麟条上北漕事宜：一，自通抵津，沿河旧汛窎远，请照旱汛五里之例，漕船到汛，催漕官弁坐视阻抵不行申报者，依催趱不力例参处；一，沿途疏浅约十三四处，坐粮难以兼顾，请交各汛弁率役疏通，应销钱粮，仍令坐粮管理。从之。巡漕御史伊喇齐疏劾河南粮道提催之弊，巡抚尹继善亦疏请革除各州县呈送监兑押运官役陋规。凡漕船回空到省，未开兑之前，责成本省巡抚及粮道，既开兑出境，则责成漕督及沿途文武官吏，抵津后，责成仓场侍郎、坐粮及天津总兵、通州副将，严行稽查。有违犯者，捕获惩治。
四十八年，漕督毓奇言：“各省督押，惟山东粮道抵通，馀祗押抵淮安。嗣后各省重运，俱令粮道督押本帮至临清，出具粮米无亏印结，即行回任。其自临清抵通，概令山东粮道往来催趱。山东运河，每年十一月朔煞坝挑浅。开坝之日，以南省漕船行抵台庄为准。微山等湖收蓄众泉，为东省济运水椟，不许民间私截水源。徬河遇春夏水微，务遵漕规启闭。漕船到徬，须上下会牌俱到，始行启板。如河水充足，相机启闭，以速漕运，不得两徬齐启，过泄水势。其在江中偶遇大风，原可停泊守候，而催漕官吏惟知促迫，军船冒险进行，恆有漂没之虞。回空之船，管运员及运丁等恆意存怠玩，或吝惜雇价，将熟习舟子遣散，留不谙驾驭之人，而押运员弁每先行回署，并不在船督率，往往有运船失风之事。”上谕饬“沿途各员催趱，应察风色水势，毋得过于急迫，至涉险失事，亦不得因此旨遂任意逗留，致逾定限”。初，运河中铜铅船及木排，往往肆意横行，民船多畏而让之。粮船北上，亦为所阻。至是令巡漕御史转饬沿途文武员弁，将运漕船催趱先行，馀船尾随，循次前进，恃强争先、不遵约束者，罪之。
领运员弁，各省粮船分帮，每帮以卫所千总一人或二人领运，武举一人随帮效力。顺治六年，奏定就漕运各卫中择其才幹优长者授职千总，责其押运，量功升转，挂欠者治罪追偿。其后裁卫所外委百总，改为随帮官。康熙五十一年，拣候选千总三十员，发南漕标效力，如有领运千总员缺，听总漕委署押运，果能抵通全完，仓场总督咨送兵部，准其即用。拣选武举，候推守卫所千总有原补随帮者，可在总署处呈明，遇缺准其顶补，三年无误，以卫千总推用。雍正二年，漕运总督张大有奏称山东、河南轮运蓟州、遵化、丰润官兵米石，沿途管押及回空催趱，例责成押运通判，请添设蓟粮千总二，更番领运，从之。各卫既有千总领运，而漕臣每岁另委押运帮官，分为押重押空，一重运费二三千金，一空运费浮于千金，帮丁之脂膏竭，而浮收之弊日滋矣。嘉庆十二年，谕漕督不得多派委员，并禁止运弁等收受餽赠。十四年，巡漕御史又请大加减省。自咸丰三年河运停歇，船只无存，领运之名亦废。
巡漕御史本明官，顺治初省。雍正七年，以粮船过淮陋规甚多，并夹带禁物，遣御史二，赴淮安专司稽察。粮船抵通，亦御史二稽察之。乾隆二年，设巡漕御史四：一驻淮安，巡察江南江口至山东交境；一驻济宁，巡察山东台庄至北直交境；一驻天津，巡察至山东交境；一驻通州，巡察至天津。凡徵收漕粮，定限十月开仓，十二月兑毕。惟山东临清徬内之船，改于次年二月兑开，依限抵通，徬外之船，仍冬兑冬开。乾隆间，令徬内徬外一律春兑春开，从漕督杨锡绂请也。嘉庆四年，谕曰：“冬兑冬开，时期促迫。嗣后东省漕粮，仍照旧例起徵，运赴水次，立春后兑竣开帮，翌年改为冬兑春开。”十五年，令徬河内外帮船，照春兑春开例办理。江北冬漕，定于十二月朔开兑，限次年二月兑竣开行。
凡漕兑，首重米色。如有仓蠹作奸，攙和滋弊，及潮湿霉变，未受兑前，责成州县，既受兑后，责在弁军，覈验之责，监兑官任之。如县卫因米色争持，即将现兑米面同封固，送总漕巡抚查验，果系潮湿攙杂，都令赔换筛飏，乃将米样封送总漕，俟过淮后，盘查比较，分别纠劾。然运军勒索州县，即借米色为由。州县开仓旬日，米多廒少，势须先兑。运军逐船挑剔，不肯受兑，致粮户无廒输纳，因之滋事。运军乘机恣索，或所索未遂，船竟开行，累州县以随帮交兑之苦。及漕米兑竣，运弁应给通关。通关出自尖丁。尖丁者，积年办事运丁也，他运丁及运弁皆听其指挥。尖丁索费州县，不遂其欲，则靳通关不与，使州县枉罹迟延处分。运军运弁沆瀣一气，州县惟恐误兑，势不得不浮收勒折以供其求。上官虽明知其弊，而惮于改作。且虑运军裁革，遗误漕运，于是含容隐忍，莫之禁诘。州县既多浮收，则米色难于精择。运军既有贴费，受兑亦不复深求。及至通州，贿卖仓书经纪，通挪交卸，米色潮湿不纯之弊，率由于此。积重难返，而漕政日坏矣。乾隆间，漕运总督顾琮条上筹办漕运七事：一，州县亲收漕粮，以免役胥藉端累民；一，杜匿富佥贫包丁代运之弊；一，受未开之帮船催令速行；一，粮船过淮后，分员催趱，以速运漕；一，河道旧有横浅，豫为疏濬，以免阻滞；一，各闸俱照漕规，随时启闭，江、广漕船携带竹木，限地解卸；一，回空三升五合馀米，速给副丁，以济回时食用。诏从其议。
各省漕粮过淮，顺治初，定限江北各府州县十二月以内，江南江宁、苏、松等处限正月以内，江西、浙江限二月以内，山东、河南限正月侭数开行。如过淮违误，以违限时日之多寡，定督抚粮道监兑推官降罚处分。领运等官，捆打革职，带罪督押。其到通例限，山东、河南限三月朔，江北四月朔，江南五月朔，江西、浙江、湖广六月朔。各省粮船抵通，均限三月内完粮，十日内回空。仓场定立限单，责成押帮官依限到淮，逾限不能到次，照章纠劾。“)