七月，百熙遵拟学堂章程，疏言：“古今中外，学术不同，其所以致用则一。欧、美、日本诸邦现行制度，颇与中国古昔盛时良法相同。礼记载家有塾，党有庠，州有序，国有学。比之各国，则国学即大学，家塾、党庠、州序即蒙学、小学、中学。等级盖甚分明。周以前选举、学校合而为一，汉以后专重选举，及隋设进士科以来，士皆殚精神于诗、赋、策、论，所谓学校，名存而巳。今日而议振兴教育，必以真能复学校之旧为第一要图。虽中外政教风气原本不同，然其条目秩序之至赜而不可乱，不必尽泥其迹，不能不兼取其长。谨上溯古制，参考列邦，拟定京师大学暨各省高等学、中学、小学、蒙学章程，候钦定颁行各省，核实兴办。凡名是实非之学堂及庸滥充数之教习，一律从严整顿。”诏下各省督抚，按照规条实力奉行。是为钦定学堂章程。教育之有系统自此始。
京师大学堂分大学院、大学专门分科、大学豫备科。附设者，仕学、师范两馆。大学院主研究，不讲授，不立课程。专门分科凡七：曰政治科，曰文学科，曰格致科，曰农业科，曰工艺科，曰商务科，曰医术科。政治科分目二：政治，法律。文学科分目七：经学，史学，理学，诸子，掌故，词章，外国语言文字。格致科分目六：天文，地质，高等算学，化学，物理，动植物。农业科分目四：农艺，农业化学，林学，兽医。工艺科分目八：土木，机器，造船，造兵器，电气，建筑，应用化学，采矿冶金。商务科分目六：簿记，产业制造，商业语言，商法，商业史，商业地理。医术科分目二：医学，药学。豫备科分政、艺两科。政科课目：伦理，经学，诸子，词章，算学，中外史，中外舆地，外国文，物理，名学，法学，理财，体操。艺科课目：伦理，中外史，外国文，算学，物理，化学，动植物，地质及矿产，图画，体操。为入专理某科便利计，得增减若干科目。各三年卒业。仕学馆课目：算学，博物，物理，外国文，舆地，史学，掌故，理财，交涉，法律，政治。师范馆课目：伦理，经学，教育，习字，作文，算学，中外史，中外舆地，博物，物理，化学，外国文，图画，体操。
各省高等学堂为中学卒业之升途，又为入分科大学之豫备。分政、艺两科。课程与大学豫科同。三年卒业。高等学外，得附设农、工、商、医高等实业学堂，亦中学卒业生升入。教授用专科教员制，各任一门。中学堂，为高等小学卒业之升途，即为入高等学之豫备。课目：修身，读经，算学，词章，中外史，中外舆地，外国文，图画，博物，物理，化学，体操。四年卒业。中学外，得设中等农、工、商实业学堂，高小卒业生不原治普通学者入之。又附设师范学堂，课目视中学，惟酌减外国文，加教育学、教授法。得合两班或三班，以两三教员各任数科目，分教之。小学堂分高等、寻常二级。兒童自六岁起，受蒙学四年。十岁入寻常小学，修业三年。此七年定为义务教育。十三岁入高等小学，三年卒业。得附设简易农、工、商实业学堂，寻常小学卒业者入之。寻常小学课目：修身、读经、作文、习字、史学、舆地、算术、体操。高等小学课目，增读古文辞、理科、图画，馀同寻常小学。教授采用级任制。正教习外，得置副教习。蒙学堂属义务教育，府、、州、县、城、镇、乡、集均应设立。凡义塾或家塾，应照蒙学课程，核实改办。课目同寻常小学，惟作文易以字课。蒙学宗旨，在于改良私塾，故章程规定，颇注重教授法之改善，于兒童身心之体察，三致意焉。至学生出身奖励，小学卒业，奖给附生；中学卒业，奖给贡生；高等学卒业，奖给举人；大学分科卒业，奖给进士。各省师范卒业，照大学师范馆例给奖。其大较也。钦定章程虽未臻完备，然已有系统之组织。颁布未及二年，旋又废止。
先是百熙招致海内名流，任大学堂各职。吴汝纶为总教习，赴日本参观学校。適留日学生迭起风潮，诼谣繁兴，党争日甚。二十九年正月，命荣庆会同百熙管理大学堂事宜。二人学术思想，既各不同，用人行政，意见尤多歧异。时鄂督张之洞入觐。之洞负海内重望，于川、晋、粤、鄂，曾创设书院及学堂。著劝学篇，传诵一时；尤抱整饬学务之素志。闰五月，荣庆约同百熙奏请添派之洞会商学务，诏饬之洞会同管学大臣釐定一切学堂章程，期推行无弊。
十一月，百熙、荣庆、之洞会奏重订学堂章程，言：“各省初办学堂，难得深通教育理法之人。学生率取诸原业科举之士，未经小学陶镕而来，言论行为，不免轶于范围之外。此次奉谕会商釐定，详细推求，倍加审慎。博考外国各项学堂课程门目，参酌变通，择其宜者用之，其于中国不相宜者缺之，科目名称不可解者改之，过涉繁重者减之。无论何等学堂，均以忠孝为本，以中国经史之学为基，俾学生心术壹归于纯正。而后以西学瀹其智识，练其艺能，务期他日成材，各適实用。拟成初等小学、高等小学、中学、高等学各章程，大学附通儒院章程。原章有蒙学名目，所列实即外国初等小学之事。外国蒙养院，一名稚园，参酌其意，订为蒙养院章程及家庭教育法。此原章所有，而增补其缺略者也。办理学堂，首重师范。原订师范馆章程，系仅就京城情形试办，尚属简略。另拟初级、优级师范学堂章程，并任用教员章程，京城师范馆改照优级师范办理。此外仕学馆属暂设，不在各学堂统系之内，原章应暂仍旧。译学馆即方言学堂；进士馆系奉特旨，令新进士概入学堂肄业，课程与各学堂不同，并酌定章程课目。又国民生计，莫要于农、工、商实业，兴办实业学堂，有百益而无一弊，另拟初等、中等、高等农、工、商实业学堂章程，附实业补习普通学堂、艺徒学堂、实业教员讲习所各章程。此原章未及，而别加编订者也。又中国礼教政俗与各国不同，少年初学，胸无定识，哤杂浮嚣，在所不免。规范不容不肃，稽察不容不严。特订立规条，申明禁令，为学堂管理通则。并将设学宗旨、立法要义，总括发明，为学务纲要。果能按照现定章程认真举办，民智可开，国力可富，人才可成，不致别生流弊。至学生毕业考试，升级、入学考试及奖励录用之法，亦经详定专章，伏候裁定。”
又奏：“奉旨兴办学堂，两年有馀。至今各省未能多设者，经费难筹也。经费所以不能捐集者，科举未停，天下士林谓朝廷之意并未专重学堂也。科举不变通裁减，人情不免观望，绅富孰肯筹捐？经费断不能筹，学堂断不能多。入学堂者，恃有科举一途为退步，不肯专心乡学，且不肯恪守学规。况科举文字多剽窃，学堂功课务实修；科举止凭一日之短长，学堂必尽累年之研究；科举但取词章，学堂并重行检。彼此相衡，难易迥别。人情莫不避难就易，当此时势阽危，除兴学外，更无养才济时之术。或虑停罢科举，士人竞谈西学，而中学无人肯讲。现拟章程，于中学尤为注重。凡中国向有之经学、史学、文学、理学，无不包举靡遗。科举所讲习者，学堂无不优为；学堂所兼通者，科举皆所未备。是取材于科举，不如取材于学堂，彰彰明矣。或又虑学堂虽重积分法，分数定自教员，保无以爱憎而意为增损。不知功课优绌，当堂考验。教员即欲违众徇私，而公论可凭，万难掩饰。臣等尚恐偶有此弊，故于中学考试，归学政主持，督同道、府办理。高等学毕业，请简放主考，会同督、抚、学政考试。大学毕业，请简放总裁，会同学务大臣考试。不专凭本学堂所定分数。凡科举抡才之法，已括诸学堂奖励之中，实将科举、学堂合并为一。就事理论，必须科举立时停罢，学堂办法方有起色，经费方可设筹。惟此时各省学堂，未能遍设，已设学堂，办理未尽合法，不欲遽议停罢科举。然使一无举动，天下未见朝廷有递减以至停罢之明文，实不足风示海内士民，收振兴学堂之效。请查照臣之洞会同袁世凯原奏分科递减之法，明降谕旨，从下届丙午科起，每科递减中额三分之一。一面照现定各学堂章程，从师范入手，责成各省实力举行，至第三届壬子科应减尽时，尚有十年。计京、外开办学堂，已逾十年以外，人才应已辈出。天下士心专注学堂，筹措经费必立见踊跃。人人争自濯磨，相率入学堂，求实在有用之学，气象一新，人才自奋。转弱为强，实基于此。”诏悉如所请。是为颁布奏定章程之期，时科举未全废止也。迨三十一年，世凯、之洞会奏：“科举一日不停，士人有侥幸得第之心，以分其砥砺实修之志。民间相率观望，私立学堂绝少。如再迟十年甫停科举，学堂有迁延之势，人才非急切可求。必须二十馀年后，始得多士之用。拟请宸衷独断，立罢科举。饬下各省督、抚、学政，学堂未办者，从速提倡；已办者，极力扩充。学生之良莠，办学人员之功过，认真考察，不得稍辞其责。”遂诏自丙午科始，停止各省乡、会试及岁、科试。寻谕各省学政专司考校学堂事务。于是沿袭千馀年之科举制度，根本划除。嗣后学校日渐推广，学术思想因之变迁，此其大关键也。“)