五年，穆宗暨孝哲后祔庙，位东序，西乡，次宣宗。七年，孝贞后升祔，次孝德。宣统元年，孝钦后升祔，次孝贞。是岁考议德宗祔庙事，礼臣言：“兄弟同昭穆，但主穆位空一室。”其馀议礼诸臣，重宗统者，以为异昭穆不便；重皇统者，复以为同昭穆不合。而大学士张之洞独主：“古有祧迁之礼，则兄弟昭穆宜同。今无祧迁之礼，则兄弟昭穆可异。”议乃定。其秋，诏曰：“我朝庙制，前殿自太祖以下七世皆南乡，宣宗以下三世分东西乡，与古所谓穆北乡、昭南乡不同。穆、德二庙，同为百世不祧，宜守硃子之说，以昭穆分左右，不以昭穆为尊卑。礼缘义起，毋因经说异同，过事拘执。德宗祔庙，中殿奉西又次楹又五室穆位，前殿位次西旁文宗坐西乡东穆位。体先朝兼祧之旨，慰列圣在天之灵，垂为定制。奉先殿位序亦如之。”
时飨太宗建国初，遇清明、除夕，躬谒太祖陵，即时飨所由始。崇德元年，建太庙成，凡四孟时飨，每月荐新，圣诞、忌辰、清明、中元、岁暮俱致祭。五月献樱桃，命荐太庙。凡新进果穀，皆先荐乃进御，著为令。顺治元年，定时飨制，孟春择上旬日，三孟用朔日，乐章六奏。二年，命祭太庙如奉先殿仪，读祝、致祭。遣官祭福陵、昭陵、四祖庙，止上香烛、供酒果，不读祝。七月朔，秋祭太庙、四祖庙，中元祭陵，并用牛、羊。寻定四祖庙祭例视京师，牲用生。又飨太庙用熟牛，罢晋胙。八年，定亲飨制，饮福、受胙如圜丘。奏乐备文、武佾舞。康熙十二年，从礼臣言，祭太庙，质明将事。二十四年春，亲飨毕，谕曰：“往见赞礼郎宣祝，至朕名，声不扬。礼称父前子名，子孙通名祖父，岂可慢易？嗣后垂为戒。”
雍正十一年，世宗以庙飨无上香，奠帛、爵无跪献，命大学士礼臣议增。寻议言：“大祀莫重郊坛，孝享莫大配天。宗庙典礼，宜视社稷。祭社稷日，皇帝亲诣上香，太庙自宜一例。至帛、爵俱不亲献，皇帝立拜位前，所以亚郊坛也。仍旧仪便。”报可。
又定太庙神牌如奉先殿制，供奉居中。请牌用太常官，献帛、爵用侍卫，寻改用宗室官。
高宗嗣位，定三年持服内，飨庙御礼服作乐如故，唯斋戒用素服，冠缀缨。乾隆二年，用礼臣言，祝版书列圣尊谥。香帛送燎时行中路，帝转立东旁，俟奉祝帛官出，复位，如祀郊坛式。寻定每日上香，守庙官行礼。朔望用太常官。嗣改宗室王公番行。十二年，谕太庙献帛、爵用宗室官，俾习礼仪、镕气质。敕宗人府王公监视，后复定后殿献帛、爵用觉罗官。
向例，飨庙，帝乘舆出宫，至太和门外改乘辇。入街门，至神路右，步入南门，诣戟门幄次。入升东阶，进前殿门，就拜位。礼成，出如初。凡入门皆左。三十七年，帝年渐高，略减仪节。入庙时，改自阙左门辇入西北门，至庙北门外，舆入。至戟门外东阶下。步入门，升阶进殿。行礼毕，出亦如之。
嘉庆四年，定时飨前殿座次。太祖、太宗、世祖皇考、妣皆南乡，圣祖皇考、妣东位西乡，世宗皇考、妣西位东乡，高宗皇考、妣东次西乡。以后帝、后位次仿此。八年孟春时飨，礼臣卜吉初六日，仁宗以前三日致斋。会逢高宗忌辰，服色未协，命改初八日。嗣是春飨皆择正月初八、九、十等日行之。
道光四年，谕庙飨谢福胙如祀社稷仪，王公百官随行三跪九拜礼。穆宗、德宗初立，时飨、祫祭遣亲王代，逮亲政始躬莅。宣统朝摄政王摄行。
祫祭历代禘、祫分祭，礼说缤纷，罔衷古训。清制有祫无禘。除夕飨庙，实始太宗，世祖本之，著为祭典。顺治十六年，左副都御史袁懋功请举祫祭，以彰孝治。乃定岁除前一日大祫，移后殿、中殿神主奉前殿。四祖、太祖南乡，太宗东位西乡。先一日遣官告后殿、中殿，致斋视牲。届日世祖亲诣，礼如时飨，自是岁以为常。寻定祫祭乐舞陈殿外。
康熙时，御史李时谦请行禘祭。礼臣张玉书上言：“考礼制言禘不一，有谓虞、夏禘黄帝，殷、周禘喾，皆配祭圜丘者；有谓祖所自出为感生帝，而祭之南郊者；有谓圜丘、方泽、宗庙为三禘者：先儒皆辩其非。而宗庙之禘，说尤不一。或谓禘止及毁庙，或谓长发诗为殷禘，雍诗为周禘，而亲庙、毁庙兼祭者。唯唐赵匡、陆淳以为禘异于祫，不兼群庙。王者立始祖庙，推祖所自出之帝，以始祖配之，故名禘。至三年一祫，五年一禘，说始汉儒，后人宗之。汉、唐、宋禘礼，并未考始祖所自出，止五岁中合群庙之祖，行祫禘于宗庙而已。大抵夏、商以前有禘祭，而厥制莫详。汉、唐以后有禘名，而与祫无别。周以后稷为始祖，以帝喾为所自出，而太庙中无喾位，故祫祭不及。至禘祭乃设喾位，以稷配焉。行于后代，不能尽合。故宋神宗罢禘礼。明洪武初或请举行，众议不果。嘉靖中，乃立虚位，祀皇初祖帝，以太祖配，事涉不经，礼亦旋罢。国家初定鼎，追上四祖尊称，立庙崇祀，自肇祖始。太祖功德隆盛，当为万世庙祖，而推所自出，则缔造大业，肇祖最著。今太庙祭礼，四孟分祭前、后殿，以各伸其尊。岁暮祫飨前殿，以同将其敬。一岁屡申祼献，仁孝诚敬，已无不极。五年一禘，可不必行。”遂寝其议。
乾隆三十七年大祫，帝亲诣肇祖位前上香，馀遣皇子亲王分诣，复位行礼如常仪。诣庙节文减之如时飨。六十年将届归政，九庙俱亲上香。嘉庆四年，定岁暮祫祭，前殿座位视时飨。咸丰八年，文宗疾甫平，亲王代行祫祭，然先祭时犹亲诣拜跪焉。其因时祫祭者，古礼天子三年丧毕，合先祖神飨之，谓之吉祭。雍正二年，吏部尚书硃轼言：“皇上至仁大孝，丧三年如一日，今服制竟，请祫祭太庙，即吉释哀。”制可。明年二月，帝诣庙行祫祭，如岁暮大祫仪。自后服竟行祫祭仿此。
加上谥号崇德元年，太宗受尊号，追封始祖为泽王、高祖庆王、曾祖昌王、祖福王，上太祖武皇帝、孝慈皇后尊谥。即日躬祀太庙。翼日，百官表贺。顺治元年，进太祖、孝慈后、太宗玉册、玉宝，奉安太庙。册长八寸八分，广三寸九分，厚四分。册数十，面底二页镌升降龙。宝方四寸二分，厚一寸五分，纽高二寸七分，长四寸二分，广三寸五分，宝盝金质。凡太庙册、宝皆用玉，色青白，册文用骊体，宝文如谥号，曰“某祖某宗某皇帝之宝”，后曰“某皇后之宝”。
五年，追尊泽王肇祖原皇帝，妣原皇后；庆王兴祖直皇帝，妣直皇后；昌王景祖翼皇帝，妣翼皇后；福王显祖宣皇帝，妣宣皇后。奉安讫，致礼如时飨。越三日，庆贺如仪。七年，上孝端文皇后尊谥。九年，进四祖帝后册宝。十八年，上世祖尊谥，前期斋戒，遣官祭告天地、宗庙、社稷。
届日，帝素服御太和门，阅册、宝讫，大学士奉安采亭，校尉舁行，导以御杖，驾从之。王公百官各于所立位跪俟，随行。至寿皇殿大门外降辇，入左门，采亭入右门。大学士二人跪奉册宝陈案上，帝就位，率群臣行三跪九叩礼。赞引奏“跪”，奏“进册”，奉册大学士跪左，进帝跪献。毕，授右跪大学士陈中案。奏“进宝”，如初。奏“宣册”，宣册官跪宣：“上尊谥曰体天隆运英睿钦文大德弘功至仁纯孝章皇帝，庙号世祖。”宣册讫，奏“宣宝”，仪亦如之。行礼三跪九叩，致祭同时飨。毕，奉绢册、宝、祝帛如燎所焚之。大学士二人，奉香册、宝导梓宫奉安，一跪三叩，翼日颁诏天下。凡上大行帝后尊谥，香册、香宝献几筵后，奉安山陵，绢册、宝送燎，玉册、玉宝卜吉藏之太庙，后仿此。
初太祖尊谥曰承天广运圣德神功肇纪立极仁孝武皇帝，太宗曰应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝文皇帝。圣祖缵业，加太祖“睿武弘文定业”六字，更庙号高皇帝；太宗“隆道显功”四字，庙号如故。用礼臣言，俟世祖祔飨后行礼。明年，上慈和皇太后尊谥。二十七年，上孝庄太皇太后尊谥。五十七年，上孝惠皇太后尊谥，后，圣祖嫡母也。祔庙日，命安神位慈和上。
六十一年冬，世宗谕廷臣：“皇考继统，本应称宗，但经云：祖有功，宗有德。皇考手定太平，论继统为守成，论勋业为开创，宜崇祖号，以副丰功。其确议之。”议言：“按礼经：有虞氏禘黄帝而郊喾，祖颛顼而宗尧。而舜典云：舜格文祖。注曰尧庙。归格艺祖，复释为尧之祖。合之祖颛顼，则有三祖矣。宋陈祥道云：凡配天者皆得称祖。国语展禽谓有虞氏祖高阳而郊尧，尧所以称文祖也。颛顼至尧，并黄帝子孙，故皆称祖。又周礼大宗伯：祫、禘、追享、朝享。解云：古者朝庙合群祖而祭焉，故祫曰朝飨，以合群祖为不足，复禘其所自出，故禘曰追飨。夫祖所自出，始祖也，其下曰群祖，则自始祖以下皆可称祖矣。”又谥议：“帝王功业隆盛，得援祖有功古义称为祖。窃谓唯圣可扬峻德，唯祖可显隆功。”议上，称旨。雍正初元，遂上尊谥，庙号圣祖。复谕：“太祖、太宗、世祖三圣相承，功高德盛；孝庄、孝康、孝惠翼运启期，懿徽流庆；宜并加谥，俾展孝思。”于是加谥太祖曰端毅，太宗曰敬敏，世祖曰定统建极，而孝慈、孝端及三后并尊谥焉。“)