六月癸未朔，诏改定科举新章。丙戌，赈徐、海灾。己丑，诏颁张之洞著劝学篇，令直省刊布。命康有为督办官报。壬辰，命荣禄会同张之洞督办芦汉铁路。郁林、梧州土匪、会匪相结为乱，陷容、兴业、陆川三县，官军剿平之。丙申，饶应祺进回部贡金。丁酉，命翰詹、科道轮班召对。部院司员条列时事，堂官代陈。士民得上书言事。设矿务铁路总局于京师，王文韶、张廕桓专理之。庚子，湖南设制造枪砲两厂。辛丑，赈宁羌火灾，洵阳等县水灾雹灾。癸卯，命伍廷芳赈古巴华民。乙巳，谕曰：“时局艰难，亟须图自强之策。中外臣工墨守旧章，前经谕令讲求时务，勿蹈宋、明积习，训诫谆谆。惟是更新要务，造端宏大，条目繁多，不得不广集众长，折衷一是。诸臣于交议之事，当周谘博访，详细讨论。毋缘饰经术，附会古义，毋胶执成见，隐便身图。倘面从心违，致失朝廷实事求是本旨，非朕所望也。朕深惟穷变通久之义，创建一切，实具万不得已之苦衷。用申谕尔诸臣，其各精白乃心，力除壅蔽，上下一诚相感，庶国是以定，而治道蒸蒸矣。”谕南北洋大臣筹办水师及路矿学堂。谕各省广开通商口岸。命黄遵宪以三品京堂充驻朝鲜大臣。
是夏，广东九龙半岛、山东威海卫俱租借于英吉利。
秋七月甲寅，诏停新进士朝考，并罢试诗赋。赈奉天被贼各县灾。丙辰，诏于京师设农工商总局，以端方、徐建寅、吴懋鼎督理，并加三品卿衔。命出使大臣设侨民学堂于英、美、日本各国。丁巳，河决山东上中游，济阳等六县同时并溢。己未，诏定于九月十五日奉皇太后幸天津阅兵。移沙市关监督、荆宜施道、江陵县并驻沙市镇。壬戌，赈南阳水灾。乙丑，诏裁詹事府，通政司，大理、光禄、太仆、鸿胪诸寺，归并其事于内阁、礼、兵、刑部兼理之。裁湖北、广东、云南巡抚，以总督兼管之。河东河道总督并于河南巡抚。兼裁各省粮道、盐道。庚午，以抑格言路，首违诏旨，夺礼部尚书怀塔布、许应骙，侍郎堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等职。赏上书主事王照四品京堂。辛未，颁曾国籓州县清讼事宜及功过章程于各省，并增道府功过。谕疏导京师河道沟渠，平治道涂。谕各省实行团练。赏内阁侍读杨锐、中书林旭、刑部主事刘光第、江苏知府谭嗣同并加四品卿衔，参预新政。赈建水水灾。癸酉，罢李鸿章总理各国事务衙门行走。以裕禄为礼部尚书，在总理各国事务衙门行走。乙亥，置三、四、五品卿，三、四、五、六品学士。丙子，赈泰和水灾。丁丑，召袁世凯来京。谕曰：“国家振兴庶政，兼采西法，诚以为民立政，中西所同，而西法可补我所未及。今士大夫昧于域外之观，辄谓彼中全无条教。不知西政万端，大率主于为民开智慧，裕身家。其精者乃能淑性延寿。生人利益，推扩无遗。朕夙夜孜孜，改图百度，岂为崇尚新奇。乃眷怀赤子，皆上天所畀，祖宗所遗，非悉使之康乐和亲，未为尽职。加以各国环相陵逼，非取人之所长，不能全我之所有。朕用心至苦，而黎庶犹有未知。职由不肖官吏与守旧士夫不能广宣朕意。乃至胥动浮言，小民摇惑惊恐，山谷扶杖之民，有不获闻新政者，朕实为叹恨。今将变法之意，布告天下，使百姓咸喻朕心，共知其君之可恃。上下同心，以成新政，以强中国，朕不胜厚望焉。”谕各省撤驿站，设邮政。严米粮出口禁。
八月壬午朔，命户部编定岁出入表颁行之。谕出使大臣徵送侨民归国备任使。命袁世凯以侍郎候补，专任练兵事宜。丙戌，见日本侯爵伊藤博文、署使林权助于勤政殿。赈射洪等县水灾，略阳等县水灾雹灾。丁亥，皇太后复垂帘于便殿训政。诏以康有为结党营私，莠言乱政，褫其职，与其弟广仁皆逮下狱。有为走免。戊子，诏捕康有为与梁启超。庚寅，户部侍郎张廕桓、翰林院侍读学士徐致靖、御史杨深秀暨杨锐、林旭、刘光第、谭嗣同并坐康有为党逮下狱。辛卯，上称疾，徵医天下。召荣禄来京。命逮文廷式，捕孙文。壬辰，诏复设詹事府，通政司，大理、光禄、太仆、鸿胪诸寺。禁官民擅递封章。罢时务官报。各省祠庙毋改学堂。命吏部侍郎徐用仪在总理各国事务衙门行走。癸巳，拨江漕八万石改折，备徐、海赈。赈高州水灾。甲午，杨深秀、杨锐、林旭、刘光第、谭嗣同、康广仁俱处斩。谪张廕桓新疆。徐致靖禁锢。命荣禄为军机大臣。以裕禄为直隶总督兼北洋大臣。乙未，以康有为大逆不道，构煽阴谋，颁硃谕宣示臣下。罢巡幸天津阅操。命荣禄管兵部事，兼节制北洋诸军及宋庆军。丁酉，籍康有为、梁启超家。命赵舒翘会同王文韶督办矿路总局。谕苏、浙新漕运京，罢改折议。留山东新漕米石备赈。戊戌，赏袁昶三品京堂，在总理各国事务衙门行走。庚子，李端棻以滥保褫职，戍新疆。褫王照职，籍其家，逮捕。辛丑，赏前御史文悌知府。壬寅，黄遵宪以疾免，赏李盛铎四品京堂充出使日本大臣。陈宝箴以滥保夺湖南巡抚任。癸卯，诏疆臣饬吏治，培人才，开财源，修武备，举劾牧令，整齐营规。诏言责诸臣指陈国计得失，其淆乱是非事攻讦者罪之。乙巳，懿旨复乡、会试及岁、科考旧制，罢经济特科，罢农工商局。丙午，端方进所编劝善歌，诏颁行。懿旨命疆臣保卫民生，慎选循良，整饬保甲团练。凡水利蚕桑，及制造贩运，资民间利赖者，以时教导之。申联名结会之禁。授荣禄为钦差大臣。己酉，命裕禄会办芦汉等处铁路。设上海、汉口水利局。
九月辛亥朔，懿旨，一切政治关国计民生者，无论新旧，仍次第推行。建言诸臣章奏务裨时局，毋妄意揣摩。癸丑，发内帑二十万赈山东水灾。甘肃、新疆地震。丁巳，广西匪平。己未，命军机大臣会大学士及部院议治河之策。辛酉，初，强劫盗案，不分首从。至是，命枢臣暨法司详议区别。代州地震。壬戌，免陕西咸宁等处逋课。戊辰，复武乡、会试及童试旧制，惟营用武进士及投标武举令习枪砲。复置湖北、广东、云南巡抚，河东河道总督。免裁粮道等缺。己巳，命许景澄在总理各国事务衙门行走。甲戌，复刑名解勘旧制，除军务省分及情事重大者，仍就地正法，馀不准行。丙子，命胡燏棻在总理各国事务衙门行走。己卯，权停福州船厂制造。庚辰，命李鸿章往勘山东黄河。是月，赈直、陕、川、鄂、苏、滇、晋、新等各省灾。
冬十月辛巳朔，享太庙，礼亲王世铎摄行，是后郊庙祀典皆遣代，至辛丑冬自西安还京，始亲诣。丙戌，命道员张翼督办直隶暨热河矿务，立公司。赈顺天各属灾。丙申，赈韩城等县灾。己亥，命户部拨帑八万备安徽赈。辛丑，追夺翁同龢职。前湖南巡抚吴大澂坐事褫职。济阳决口合龙。壬寅，悬赏购捕康有为、梁启超、王照。甲辰，允荣禄请，以宋庆、聂士成、袁世凯、董福祥所部分立四军，别募万人为中军。乙巳，见俄使格尔思于勤政殿。命胡燏棻督办津镇铁路，以张翼副之。丁未，赈罗平水灾雹灾。
十一月癸丑，谕张汝梅办山东灾赈。赏桂春三品京堂，命在总理各国事务衙门行走。甲寅，命启秀为军机大臣，赵舒翘、联元并在总理各国事务衙门行走。丁巳，留河南漕折于滑县备赈。拨库帑二十万于江苏备赈。己巳，命溥良察山东赈。庚午，命裕庚在总理各国事务衙门行走。辛未，命疆臣均兼总理各国事务大臣衔。壬申，赈吐鲁番等处水灾蝗灾。丁丑，以称疾停年节升殿筵宴。戊寅，罢直隶练军。
十二月丙戌，湖北巡抚曾鉌坐事免。癸巳，命马玉昆往河南办理防剿。罢胡燏棻津芦路督办，以许景澄代之。丁酉，免汉阳等州县被灾额赋。壬寅，改湖北汉口同知为夏口抚民同知。戊申，发内帑五万于清、淮备赈。
二十五年己亥春正月庚戌，抚恤豫、皖被贼州县灾民。丙辰，诏清庶狱。庚申，免涡阳等州县被贼税粮。辛酉，止各国驻京公使觐贺。壬戌，再拨部帑五万于安徽备赈。丙寅，召李秉衡来京。
二月甲申，申谕各省办积穀、清讼、团练、保甲。丁亥，命武胜新队名曰虎神营。举行京师保甲。戊戌，胶州湾德兵藉词护教，入沂州境。命吕海寰告德国外部，止其进兵。以新建陆军训练有效，予袁世凯优叙。庚子，命副都统寿山募练十六营，为镇边新军。甲辰，德兵至兰山。丁未，陷日照城。“)