夏四月己未，康亲王杰书疏言处州府庆元县民人吴臣任等不肯从贼，结寨自固，守义杀贼，实为可嘉。已交浙江督抚，效力者录用，归农者奖赏，其阵亡札委守备吴受南等并请恩恤。从之。辛酉，上幸霸州行围。以伊桑阿为工部尚书，宋德宜为左都御史。丁卯，提督赵赖败土寇于泰和，擒贼目萧元。戊辰，予死事温处道陈丹赤等官廕。辛未，上制大德景福颂，书屏，上太皇太后。乙亥，莽依图师至南安，严自明以城降，遂克南雄，入韶州。
五月己卯，尚之信降，命复其爵，随大军讨贼。特擢谪戍知府傅弘烈为广西巡抚。先是，弘烈以首吴三桂反状谪梧州。及兵起，弘烈上书陈方略，故有是命。旋加授抚蛮灭寇将军，与莽依图规取广西。甲午，额鲁特噶尔丹攻败喀尔喀车臣汗，来献军实，却之。
六月丁巳，祖泽清以高州降。
秋七月庚子，郑锦将刘国轩自惠州犯东莞，尚之信大败之，贼将陈琏以惠州降。甲辰，上御便殿，召大学士等赐坐，论经史，因及前代朋党之弊，谕加警戒。以明珠、觉罗勒德洪为大学士。
八月丁未，明宗人硃统锠起兵陷贵溪、泸溪。己未，上御经筵。丙寅，册立贵妃钮祜禄氏为皇后，佟佳氏为贵妃。戊辰，傅弘烈等复梧州。
九月丙子，命宗室公温齐、提督周卜世赴湖广协剿。癸未，命额驸华善率师益简亲王军，科尔科代接驻江宁。丁亥，上发京师，谒孝陵，巡近边。丙申，次喀拉河屯。庚子，次达希喀布秦昂阿，近边蒙古敖汉部札穆苏等朝行在，敌驼马，赐金币。吴三桂将胡国柱、马宝寇韶州，将军莽依图、额楚夹击破之，贼遁，追之过乐昌，复仁化。
冬十月甲辰，上次汤泉。癸丑，还宫。傅弘烈败吴世琮于昭平，复浔州。福建按察使吴兴祚败硃统锠于光泽，其党执统锠降。癸亥，始设南书房，命侍讲学士张英、中书高士奇入直。
十一月己卯，吴三桂将韩大任陷万安，护军统领哈克山击败之。庚子，封长白山神，遣官望祭。是月，官兵复茶陵、攸县。
十二月乙巳，海寇犯泉州，提督段应举等御之。辛亥，海寇犯钦州，游击刘士贵击败之。命参赞勒贝、将军额楚进取郴、永。己巳，以冯甦为刑部侍郎。辛酉，金星昼见。辛未，祫祭太庙。
是岁，免直隶、江南、江西、陕西、湖广等省七十州县灾赋有差。朝鲜入贡。
十七年戊午春正月己丑，副都统哈当、总兵许贞击韩大任于宁都，大任遁之汀州，诣康亲王军前降，命执送京师。壬辰，以郭四海为左都御史。乙未，诏曰：“一代之兴，必有博学鸿儒振起文运，阐发经史，以备顾问。朕万几馀暇，思得博通之士，用资典学。其有学行兼优、文词卓越之士，勿论已仕未仕，中外臣工各举所知，朕将亲试焉。”于是大学士李霨等荐曹溶等七十一人，命赴京齐集请旨。
二月甲辰，傅弘烈疏言吴三桂兵犯广西，诏额楚、勒贝守梧州。己未，上御经筵，制四书讲疏义序。丁卯，皇后钮祜禄氏崩，谥曰孝昭皇后。辛未，莽依图及吴世琮战于平乐，失利，退守梧州。命尚之信及都统马九玉会师守梧州。
三月丙子，湖广官兵击杨来嘉、洪福，败之，复房县。丁丑，海寇犯石门，黄芳世击败之。癸巳，祖泽清复叛应吴三桂。
闰三月癸卯，上巡近畿。乙丑，命内大臣喀代、尚书马喇往科尔沁四十九旗莅盟。丁卯，吴三桂将林兴珠诣安亲王军前降，诏封建义侯，随军剿贼。逮问副都统甘度海、阿进泰，以在江西剿贼失机也。
夏四月庚午，海寇蔡寅陷平和，进逼潮州。甲戌，祖泽清犯电白，尚之信、额楚击之，泽清遁。庚寅，庆阳土贼袁本秀作乱，官兵击斩之。
五月庚子朔，海澄公黄芳世卒于军，命其弟芳泰袭爵。戊申，福建总督郎廷相、巡抚杨熙、提督段应举俱免，以姚启圣为福建总督，吴兴祚为福建巡抚，杨捷为福建水陆提督。甲寅，上幸西郊观禾。额鲁特部济农为噶尔丹所逼，入边，张勇逐出之。
六月壬申，尚善遣林兴珠败三桂舟师于君山。丁亥，上以盛夏亢旱，步祷于天坛。是日，大雨。壬辰，吴三桂将犯永兴，都统伯宜理布、统领哈克山与战，败殁。海寇犯廉州，总兵班绍明等击走之。吴三桂兵犯郴州，副都统硕岱与战，不利，奔永兴。丁酉，诏曰：“军兴以来，将士披坚执锐，盛暑祁寒，备极劳苦，朕甚悯焉。其令兵部察军中有负债责者，官为偿之，战殁及被创者恤其家。”
秋七月，郑锦陷海澄，前锋统领希佛、副都统穆赫林、提督段应举死之。甲辰，郑锦犯泉州。甲寅，以安珠护为奉天将军。壬戌，以魏象枢为左都御史。丙寅，召翰林院学士陈廷敬、侍读学士叶方蔼入直南书房。是月，吴三桂僭号于衡州。
八月己卯，安远靖寇大将军、贝勒尚善卒于军，命贝勒察尼代之。庚午，西洋国王阿丰肃使臣入贡。癸未，上御经筵，以御制诗集赐陈廷敬等。乙未，吴三桂死，永兴围解。颁行康熙永年历。丙申，诏曰：“逆贼倡乱，仰服天诛。絓误之徒，宜从宽典。其有悔悟来归者，咸与勿治。”
九月，上奉太皇太后幸汤泉，晋谒孝陵。姚启圣、拉哈达大败海寇于蜈蚣山，刘国轩遁，泉州围解。
冬十月癸未，上巡近边，次灤河，阅三屯营兵。己丑，将军鄂内败吴应麒于石口。丁酉，皇四子胤禛生，是为世宗，母曰吴雅氏。
十一月己亥，拉哈达疏言海贼断江东桥，兵援泉州难进。在籍侍读学士李光地为大军乡导，修通险路，接济军需，请议叙。得旨：“李光地前当变乱之初，密疏机宜。兹又迎接大兵，备办粮米，深为可嘉。即升授学士。”辛酉，上奉太皇太后还宫。癸亥，命福建陆路提督杨捷加昭武将军，王之鼎为福建水师提督。
十二月丁亥，额楚、傅弘烈及吴世琮战于藤县，不利，退守梧州。乙未，祫祭太庙。
是岁，免直隶、江南、江西、湖广等省七十州县灾赋有差。朝鲜、西洋入贡。
十八年己未春正月戊申，遣官分赈山东、河南。甲寅，贝勒察尼督水师围岳州，贼将吴应麒遁，复岳州。上御午门宣捷。设随征总兵官以处降将，旋裁之。壬戌，刘国轩犯长乐，总督姚启圣偕纪尔他布、吴兴祚击败之。甲子，岳乐复长沙。
二月丙寅，傅弘烈战吴世琮于梧州，贼遁。己巳，诏数江西奸民从逆之罪，仍免其逋赋。甲戌，顺承郡王勒尔锦督兵过江，分复松滋、枝江、宜都、澧州，叛将洪福以舟师降。戊寅，简亲王喇布遣前锋统领希佛复衡州，贼将吴国贵、夏国相遁。庚辰，诏军前王大臣议进取云、贵事宜。以周有德为云贵总督，桑峨为云南提督，赵赖为贵州提督，并随王师进讨。以杨雍建为贵州巡抚。癸未，以夸扎为蒙古都统。
三月丙申朔，御试博学鸿词于保和殿，授彭孙遹等五十人侍读、侍讲、编修、检讨等官。修明史，以学士徐元文、叶方蔼、庶子张玉书为总裁。丁酉，上幸保定县行围。甲辰，以徐治都为湖广提督。将军穆占击吴国贵于永州，败之，复永州、道州、永明。己酉，上还宫。戊午，赐归允肃等百五十一人进士及第出身有差。庚申，岳州阵殁诸将丧至，遣侍卫迎奠。福建阵没将士丧至亦如之。
夏四月丙寅，以杨茂勋为四川总督，驻郧阳。戊辰，以万正色为福建水师提督。己卯，旱甚，上步祷于天坛。是日，大雨。莽依图击吴世琮于浔州，败走之。壬寅，上出阜成门观禾。
五月庚戌，刘国轩犯江东桥，赖塔大战败之。
六月辛未，诏曰：“盛治之世，馀一馀三。盖仓廪足而礼教兴，水旱乃可无虞。比闻小民不知积蓄，一逢歉岁，率致流移。夫兴俭化民，食时用礼，惟良有司是赖。督抚等其选吏教民，用副朕意。”己卯，以希佛为蒙古都统。
秋七月甲午，靳辅疏报淮扬壩工成，涸出田地，招民种之。丁未，上视纯亲王隆禧疾。隆禧薨。乙卯，额楚败吴世琮于南宁，世琮遁。庚申，京师地震，诏发内帑十万赈恤，被震庐舍官修之。壬戌，召廷臣谕曰：“朕躬不德，政治未协，致兹地震示警。悚息靡宁，勤求致灾之由。岂牧民之官苛取以行媚欤？大臣或朋党比周引用私人欤？领兵官焚掠勿禁欤？蠲租给复不以实欤？问刑官听讼或枉平民欤？王公大臣未能束其下致侵小民欤？有一于此，皆足致灾。惟在大法而小廉，政平而讼理，庶几仰格穹苍，弭消沴戾。用是昭布朕心，原与中外大小臣工共勉之。”“)