十二月癸酉，复命洪承畴经略五省，同罗讬等取贵州。免新建、丰城灾赋。甲戌，封孙可望为义王。癸未，命吴三桂自四川，赵布泰自广西，罗讬自湖南取贵州。丙戌，明桂王将谭新传等降。丙申，以皇太后疾愈，赉旗兵，赈贫民。
是年，朝鲜，喀尔喀部毕席勒尔图汗、冰图台吉、额尔德尼韦徵诺颜、吴巴什诺颜、土谢图汗下完书克诺颜，厄鲁特部敖齐尔图台吉子伊拉古克三、班第大胡土克图、绰克图台吉、巴图鲁台吉、达赖乌巴什台吉，索伦部马鲁喀、虎尔格吴尔达尔汉，东夷讬科罗氏、南迪欧，达赖喇嘛、班禅胡土克图均来贡。朝鲜三至。
十五年春正月庚子，大赦。诏曰：“帝王孝治天下，礼莫大乎事亲。比者皇太后圣躬违和，朕夙夜忧惧。赖荷天眷，今已大安。遘兹大庆，宜沛殊恩。其自王公以下，中外臣僚，并加恩赉。直省逋赋，悉与豁免。吏民一切诖误，咸赦除之。”壬寅，停祭堂子。以多罗信郡王多尼为安远靖寇大将军，率师征云南。戊午，祀圜丘，己未，祀方泽，辛酉，祀太庙社稷，以太后疾愈故。皇第四子薨。丙寅，以周召南为延绥巡抚。
二月甲戌，赈畿辅。甲申，免武清、漷上年灾赋。己丑，减辽阳税额。辛卯，川东贼帅张京等来降。甲午，命部院官各条陈事宜。乙未，御经筵。
三月辛丑，李定国党闫维龙等陷横州，官军击走之。甲辰，内监吴良辅以受贿伏诛。壬子，免襄阳、郧阳荒赋。戊午，追封科尔沁巴图鲁王女为悼妃。甲子，追封皇第四子为和硕荣亲王。
夏四月辛未，赐孙承恩等进士及第出身有差。丙子，官军败贼于合州，克重庆。癸未，免江夏等七县十三年灾赋。丙戌，较射于景山。辛卯，免淳化荒赋。大学士王永吉以罪免。壬辰，大学士陈之遴复以罪流盛京。
五月丁酉朔，日有食之。癸卯，调卫周祚为吏部尚书。戊申，以刘昌为工部尚书。更定铨选法。辛亥，郑成功将犯澄海，游击刘进忠以城叛，降于成功。壬子，免山东十一年以前灶丁逋课。己未，较射于景山。辛酉，裁詹事府官。壬戌，广西贼将贺九仪犯宾州，官兵击败之。癸亥，以胡世安、卫周祚、李霨为内院大学士。甲子，官军复沅靖，进取贵阳、平越、镇远等府，南丹、那地、独山等州，抚宁土司俱降。
六月戊辰，吴三桂等败李定国将刘正国于三坡，克遵义，拔开州。辛未，以赵廷臣为贵州巡抚。壬申，以佟国器为浙江巡抚，苏弘祖为南赣巡抚。丙子，官军败海寇于白沙。辛巳，以李栖凤为两广总督。甲申，以王崇简为礼部尚书。壬辰，免靖、沅陵等十五州县及平溪九卫所额赋。癸巳，郑成功犯温州，陷平阳、瑞安。
秋七月己亥，裁宣大总督。己酉，以潘朝选为保定巡抚。庚戌，沙尔虎达击罗刹，败之。改内三院大学士为殿阁大学士。设翰林院及掌院学士官。增各道御史三十人。己未，免桂阳、衡阳等十州县上年灾赋。甲子，以巴哈、费扬古、郭迈、屠禄会、马尔济哈、鄂莫克图、坤巴图鲁、邬布格德墨尔根袍、喀兰图、鄂塞、博洛塞冷、巴特玛、巴泰俱为内大臣，赵国祚为浙江总督，李率泰专督福建。
八月癸酉，以李显贵为镶白旗汉军固山额真。丙子，敕谕多尼等，授以方略。李定国将王兴及水西宣慰使安坤等来降。癸巳，御经筵。
九月丁酉，以孙塔为镶蓝旗蒙古固山额真。庚戌，更定理籓院大辟条例。己酉，以能图为左都御史。壬子，赐镶黄、正黄、正白三旗官校金。甲寅，改内院大学士觉罗巴哈纳、金之俊为中和殿大学士，额色黑、成克巩为保和殿大学士，蒋赫德、刘正宗为文华殿大学士，洪承畴、傅以渐、胡世安为武英殿大学士，卫周祚为文渊阁大学士，李霨为东阁大学士。己未，免福州、兴化、建宁三府，福宁州十二、十三两年荒赋。癸亥，发帑赐出征军士家。
冬十月壬午，以祖重光为顺天巡抚。荆州、襄阳、安陆霪雨，江溢，漂没万馀人。
十一月甲午朔，海寇犯洛阳内港，官军击败之。乙未，免郧阳、襄阳荒赋。庚子，定宫中女官员额品级。辛丑，免林县灾赋十之三。江南考官方犹、钱开宗等坐纳贿弃市。
十二月壬申，以索浑为镶白旗满洲固山额真。甲戌，免五台灾赋。壬午，故明宗室硃议滃率众降。乙酉，以邬赫为礼部尚书。免山阴等八县上年灾赋。戊子，以明安达礼为安南将军，率师驻防贵州。己丑，谕曰：“川、湖、云、贵之人，皆朕臣庶，寇乱以来，久罹汤火。今大军所至，有来归者，加意拊循，令其得所。能效力建功者，不靳爵赏。”
是年，朝鲜，喀尔喀部窦尔格齐诺颜、噶尔当台吉、土谢图汗、毕席勒尔图汗、丹津喇嘛，厄鲁特部阿巴赖诺颜，车臣台吉下车臣俄木布、鄂齐尔图台吉，索伦部达把代，库尔喀部塔尔善，使犬国头目替尔库，达赖喇嘛俱来贡。朝鲜、喀尔喀土谢图汗、厄鲁特阿巴赖诺颜再至。
十六年春正月甲午，桂王将谭文犯重庆，其弟谭诣杀之，及谭弘等来降。丁酉，以徐永正为福建巡抚。庚子，多尼克云南，以捷闻。初，多尼、吴三桂、赵布泰会师于平越府之杨老堡，分三路取云南。多尼自贵阳入，渡盘江至松岭卫，与白文选遇，大败之。三桂自遵义至七星关，不得进，乃由水西间道趋乌撒。赵布泰自都匀至盘江之罗颜渡，败守将李成爵于山谷口，又败李定国于双河口，所向皆捷，遂俱抵云南，入省城。李定国、白文选奉桂王奔永昌。癸卯，以林天擎为云南巡抚。甲辰，以巴海为昂邦章京，驻防宁古塔。辛亥，赐外籓蒙古诸王贫乏者马牛羊。癸丑，以赵廷臣为云贵总督，卞三元为贵州巡抚。
二月丙寅，免潼关卫辛庄等屯上年灾赋。丁卯，海寇犯温州，官军击败之。庚午，以云、贵荡平，命今秋举会试。辛未，免荆州、潜江等九州县及沔阳、安陆二卫上年灾赋。丙子，命罗讬等班师，明安达礼驻防荆州。壬午，以许文秀为山东巡抚。
三月丙申，以蒋国柱为江宁巡抚。己亥，以张仲第为延绥巡抚。戊申，以硃衣助为安徽巡抚。郑成功犯浙江太平县，官军击败之。己酉，御经筵。甲寅，命吴三桂镇云南，尚可喜镇广东，耿继茂镇四川。丁巳，免襄阳等六县灾赋。
闰三月壬戌，大学士胡世安以疾解任。丁卯，定犯赃例，满十两者流席北，应杖责者不准折赎。甲申，免锺祥县上年灾赋。图海有罪，免。丙戌，封谭弘为慕义侯，谭诣为乡化侯。丁亥，以张自德为陕西巡抚。
夏四月甲寅，多尼、吴三桂军克镇南州，白文选纵火烧澜沧江铁桥遁走。我军进克永昌，李定国奉桂王走腾越，伏兵于磨盘山，我军力战，复克腾越。
五月壬戌，广西南宁、太平、思恩诸府平。己巳，以刘秉政为宁夏巡抚。晋封满硃习礼为和硕达尔汉巴图鲁亲王。戊寅，官军击成功于定关，败之，斩获甚众。辛巳，发内帑银三十万两，以其半赈云、贵穷黎，其半给征兵饷。
六月庚子，朝鲜国王李淏薨。壬子，郑成功陷镇江府。
秋七月丁卯，以达素为安南将军，同索洪、赖塔等率师征郑成功。丙子，郑成功犯江宁。庚辰，幸南苑。甲申，还宫。
八月己丑朔，江南官军破郑成功于高山，擒提督甘煇等，烧敌船五百馀艘。成功败遁，我军追至瓜州，敌兵大溃。先是，成功拥师十馀万，战舰数千，抵江宁城外，列八十三营，络绎不绝，设大砲、地雷、云梯、木栅，为久困之计，军容甚盛。我军噶褚哈、马尔赛等自荆州以舟师来援，会苏松水师总兵官梁化凤及游击徐登第、参将张国俊等各以军至，总督郎廷佐合军会战，水陆并进，遂以捷闻。庚寅，御经筵。癸巳，幸南苑。以刘之源为镇海大将军，同梅勒章京张元勋等驻防镇江。以蔡士英为凤阳巡抚，总督漕运；宜永贵为安徽巡抚，提督操江。丙申，安南国都将武公恣遣使纳款于洪承畴军前。戊戌，还宫。甲辰，郑成功复犯崇明，官军击败之。乙巳，幸南苑。丙午，还宫。
九月庚申，免台州四年至十年被寇税赋。乙亥，赐陆元文等进士及第出身有差。丁丑，以杜立德为刑部尚书。戊寅，予故朝鲜国王李淏谥，封世子□为国王。庚辰，以海尔图为镶蓝旗汉军固山额真。辛巳，尊兴京祖陵为永陵。甲申，幸南苑。“)