八月戊午朔，免延安府荒赋。己未，官军剿瑞金馀寇，诛伪都督许胜可等。庚申，罢直省恤刑官，命巡抚虑囚。辛酉，免真宁县十年灾赋。壬戌，山东濮州、阳穀等县地震有声。甲戌，以张中元为江宁巡抚。丙子，以张秉贞为兵部尚书。庚辰，以傅以渐为祕书院大学士，任濬为刑部尚书。壬午，故明乐安王硃议氵朋谋反，伏诛。
九月己丑，范文程以病罢。免西安、平凉、凤翔三府十年灾赋。庚寅，封线国安为三等伯。壬辰，申严隐匿逃人之禁。癸巳，免宣府、万全右卫灾赋。丙申，以董天机为直隶巡抚。壬子，以冯圣兆为延绥巡抚。
冬十月丁巳朔，享太庙。辛未，免庐、凤、淮、扬四府，徐、滁、和三州灾赋。丁丑，命重囚犯罪三法司进拟，仍令议政王、贝勒、大臣详议。壬午，赈畿辅被水州县。免祁阳等七县逋赋。李定国陷高明，围新会，耿继茂请益师。
十一月丁亥，以陈泰为吏部尚书，阿尔津为正蓝旗满洲固山额真。尚可喜遣子入侍。壬寅，诏曰：“朕缵承鸿绪，十有一年，治效未臻，疆圉多故，水旱叠见，地震屡闻，皆朕不德之所致也。朕以眇躬讬于王公臣庶之上，政教不修，疮痍未复，而内外章奏，辄以‘圣’称，是重朕之不德也。朕方内自省抑，大小臣工亦宜恪守职事，共弭灾患。凡章奏文移，不得称‘圣’。大赦天下，咸与更始。”癸卯，幸南苑。甲辰，耿继茂遣子入侍。
十二月辛酉，和硕承泽亲王硕塞薨。戊辰，免荆门、锺祥等六州县灾赋。己巳，免磁、祥符等三十六州县灾赋。壬申，以济度为定远大将军，征郑成功。尚可喜、耿继茂、硃玛喇败李定国于新会，定国遁走。乙亥，郑成功陷漳州，围泉州。丁丑，命明安达礼征罗刹。免西安五卫荒赋。江西贼霍武等率众降。
是年，朝鲜，琉球，厄鲁特部阿巴赖诺颜、诺门汗、额尔德尼达云绰尔济，索伦部索朗噶达尔汉，汤古忒部达赖喇嘛、谛巴班禅胡土克图均来贡。
十二年春正月戊子，官军败贼于玉版巢，又击藤县贼，破之。庚寅，免东平、济阳等十八州县上年灾赋。乙未，免直隶八府，河南彰德、卫辉、怀庆上年灾赋。戊戌，诏曰：“亲政以来，五年于兹。焦心劳思，以求治理，日望诸臣以嘉谟入告，匡救不逮。乃疆圉未靖，水旱频仍，吏治堕汙，民生憔悴，保邦制治，其要莫闻。诸王大臣皆亲见祖宗创业艰难，岂无长策，而未有直陈得失者，岂朕听之不聪，虚怀纳谏有未尽欤？天下之大，几务之繁，责在一人，而失所辅导。朕虽不德，独不念祖宗培养之泽乎！其抒忠荩，以慰朕怀。”辛丑，以韩岱为吏部尚书，伊尔德、阿喇善为都统。癸卯，以于时跃为广西巡抚。甲辰，命在京七品以上，在外文官知府、武官副将以上，各举职事及兵民疾苦，极言无隐。辛亥，修顺治大训。
二月庚申，复遣御史巡按直省。壬戌，大学士吕宫以疾免。癸亥，免成安等六县上年灾赋。己巳，赈旗丁。免平凉、汉阴二县上年灾赋。丙子，封博穆博果尔为和硕襄亲王。免滨、宁阳等二十一州县上年灾赋。己卯，免滁、和二州上年灾赋。庚辰，以陈之遴为弘文院大学士，王永吉为国史院大学士。癸未，耿继茂、尚可喜败李定国于兴业。广东高、雷、廉三府，广西横州平。
三月戊子，免湖广石门县上年灾赋。以戴明说为户部尚书。庚子，以佟国器为南赣巡抚，宜永贵为福建巡抚。壬寅，免郧阳、襄阳二府上年被寇荒赋。甲辰，赐图尔宸、史大成等进士及第出身有差。丁未，削续顺公沈永忠爵。壬子，谕曰：“自明末扰乱，日寻干戈，学问之道，阙焉弗讲。今天下渐定，朕将兴文教，崇儒术，以开太平。直省学臣，其训督士子，博通古今，明体达用。诸臣政事之暇，亦宜留心学问，佐朕右文之治。”癸丑，设日讲官。
夏四月乙丑，免沈丘及怀庆卫上年灾赋。丁丑，进封尼思哈为和硕敬谨亲王，齐克新为和硕端重亲王。癸未，诏修太祖、太宗圣训。
五月乙酉，以图海兼刑部尚书。辛卯，和硕郑亲王济尔哈朗薨，辍朝七日。丁酉，以石廷柱为镇海将军，驻防京口。戊戌，以胡沙为镶黄旗固山额真。庚子，以觉罗巴哈纳为弘文院大学士。辛丑，灵丘县地震有声。乙巳，以觉罗郎球为户部尚书。丙午，以李际期为兵部尚书。丁未，以恩格德为礼部尚书。己酉，以卫周祚为工部尚书。
六月甲寅，免杭州、宁波、金华、衢州、台州灾赋。丁卯，谕曰：“朕览法司章奏，决囚日五、六人，或十馀人。念此愚氓，兵戈灾祲之后，复罹法网，深可悯恻。有虞之世，民不犯于有司。汉文帝、唐太宗亦几致刑措。今犯法日众，岂风俗日偷欤？抑朝廷德教未敷，或谳狱者有失入欤？嗣后法司其明慎用刑，务求平允。”戊辰，免房山县上年灾赋。桂王将刘文秀寇常德，遣其党犯岳州、武昌，官军击走之。己卯，封博果铎为和硕庄亲王。辛巳，命内十三衙门立铁牌。谕曰：“中官之设，自古不废。任使失宜，即贻祸乱。如明之王振、汪直、曹吉祥、刘瑾、魏忠贤辈，专权擅政，陷害忠良，出镇典兵，流毒边境，煽党颂功，谋为不轨，覆败相寻，深可鉴戒。朕裁定内官职掌，法制甚明。如有窃权纳贿，交结官员，越分奏事者，凌迟处死。特立铁牌，俾世遵守。”
秋七月癸未朔，日有食之。壬辰，复遣廷臣恤刑。辛亥，命直省绘进舆图。
八月丙辰，免灵丘县灾赋。癸亥，以阿尔津为宁南靖寇大将军，同卓罗驻防荆州，祖泽润防长沙。乙丑，以多罗安郡王岳乐为左宗正，贝勒杜兰为右宗正。癸酉，谕曰：“畿辅天下根本，部臣以运河决口，议徵逋赋。朕念畿内水旱相仍，人民荼苦，复供旧税，其何以堪。今悉与蠲免。工筑之费，别事筹画。”免曹、城武等七州县及临清卫、齐河屯上年灾赋。
九月癸未，免凤阳灾赋。壬寅，定武会试中式殿试如文进士。硃玛喇、敦拜师还。丙午，颁御制资政要览、范行恆言、劝善要言、儆心录，异姓公以下，文三品以上各一部。戊申，免两当、宁远二县灾赋。
冬十月辛亥朔，设尚宝司官。壬子，免蔚州及阳和、阳高二卫灾赋。己未，免甘州、肃州、凉州、西宁灾赋。辛酉，命每年六月虑囚，七月覆奏，著为令。癸亥，免磁、获嘉等八州县灾赋。甲子，免隆平十一年以前逋赋、淄川等八县灾赋。丙寅，免宣府、大同灾赋。戊辰，诏曰：“帝王以德化民，以刑辅治。苟律例轻重失宜，官吏舞文出入，政平讼理，其道曷由。朕览谳狱本章，引用每多未惬。其以现行律例缮呈，朕将亲览更定之。”辛未，以祝世允为镶红旗满洲固山额真。癸酉，以孙廷铨为兵部尚书。乙亥，修玉牒。丙子，龚鼎孳以罪免。
十一月壬午，免滨、堂邑等十三州县灾赋。癸未，郑成功将犯舟山。乙酉，巡按御史顾仁坐纳贿，弃市。丁亥，谕曰：“国家设督抚巡按，振纲立纪，剔弊发奸，将令互为监察。近来积习，乃彼此容隐。凡所纠劾止末员，岂称设官之意。嗣有瞻顾徇私者，并坐其罪。”郑成功将陷舟山，副将把成功降于贼。戊子，幸南苑。免郧阳、襄阳逋赋，汲、淇、胙城等县灾赋。戊申，免临漳灾赋。
十二月丙辰，免耀州、同官、雒南灾赋。癸亥，免安吉、仁和等十州县，宣化八卫灾赋。乙丑，颁大清满字律。免临清、齐河等十州县，东昌卫灾赋。丙寅，于时跃、祖泽远平九团两都瑶、僮一百九十二寨。己巳，多罗敏郡王勒度薨。癸酉，免涿、庆云等三十三州县，永平卫灾赋。甲戌，以宜尔德为宁海大将军，讨舟山寇。以秦世祯为安徽巡抚，提督操江，陈应泰为浙江巡抚，白如梅为山西巡抚。免临海等十八县，祥符、兰阳二县，怀庆、群牧二卫灾赋。
是年，喀尔喀部额尔德尼诺穆齐台吉、门章墨尔根楚虎尔台吉、伊世希布额尔德尼台吉、额尔克戴青台吉来朝。朝鲜，喀尔喀部毕席勒尔图汗、俄木布额尔德尼、泽卜尊丹巴胡土克图、丹津喇嘛、车臣汗、土谢图汗、土谢图汗下喇嘛塔尔达尔汉诺颜，厄鲁特部杜喇尔浑津台吉、都喇尔浑津阿里录克三拖因、阿巴赖诺颜、鄂齐尔图台吉、噶尔丹霸，索伦部马鲁凯，讷墨礼河头目伊库达，黑龙江头目库拜，班禅胡土克图，俄罗斯察幹汗遣使均来贡。朝鲜三至。厄鲁特阿巴赖、鄂齐尔图台吉再至。“)