十一年，武宗即位，追尊皇考为皇帝，庙号顺宗。太祖室居中，睿宗西第一室，世祖西第二窒，裕宗西第三室，颀宗东第一室，成宗东第二室。追尊先元妃为皇后，袝成宗室。睿宗、裕宗、颀宗并未践大位，入庙称宗，而黜太宗、定宗、宪宗不在六室之列，又跻顺宗于成宗之上，皆失礼之甚者也。至大二年春正月乙未，以受尊号，恭谢太庙，是为亲祀之始。十月，以将加谥太祖、睿宗，择日请太祖、睿宗尊谥于天，择日请光献皇后、庄圣皇后尊谥于庙，改金主，题写尊谥庙号。十二月乙卯，亲享太庙。奉玉册、玉宝。加上太祖圣武皇帝尊谥曰法天启运，庙号太祖，光献皇后曰翼圣。加上睿宗景襄皇帝曰仁圣，庙号睿宗，庄圣皇后曰显懿。其旧主以椟贮两旁，自是主皆范金作之。先是，太庙皆遣官行事，帝复欲如之。大司徒李邦宁谏曰：“先胡非不欲亲致享祀，诚以疾废礼耳。今逢继成之初，正宜开彰孝道以率天下，躬祀太室，以成一代之典。循习故事，非臣所知也。”帝曰：“善。”即日备法驾宿斋官，且命邦宁为大司徒。三年，丞相三宝奴等言：“太祖祠祭用瓦尊，乞代以银。”从之。
四年闰七月，奉武宗神主，袝于太庙。
延祐七年六月，新作太祖幄殿。八月，袝仁宗及庄懿慈圣皇后于太庙。时议仁宗升袝，增置庙室。太常礼仪院下博士检讨历代典故，移书礼部、中书集议曰：“古者天子祭七代，兄弟同为一代，庙室有神主，增置宙室。”又议：“大行皇帝升袝太庙，七室皆有神主，增室不及。依前代典故，权于庙内止设幄座，面南奉安。今相视得第七室远南对室地位，东西一丈五尺，除设幄座外，余五尺，不妨行礼。”乃结彩为殿，置武宗室甫，权奉神主焉。
十月戊子，英宗将以四时躬祀太庙，命大常礼官与中书、翰林、集贤等官集议，帝览其礼制曰：“此追远报本之道也，毋以朕劳而有所损，其一遵典礼。”丙寅，中书以躬谢太庙仪注进。十一月丙子朔，帝御斋宫。丁丑，备法驾仪卫，躬谢太庙，至棂星门驾止，有司进辇不御，步至大次，服衮冕端拱以挨。礼仪使靖署祝，帝降御座正立书名。及读祝，敕商赞御名。至仁宗室，辄歔欷流涕，左右奠不歔感动。退至西神门，殿中监受圭，出降没阶乃授圭。甲辰，太常进时享太庙仪式。
至治元年正月乙酉，始命于太庙垣西北建大次殿。丙戌，始以四盂月时享，亲祀太室。礼成，坐北建大次殿。丙戌，始以四孟月时享，亲祀太室。帝服衮冕，以左丞相拜住亚献，知枢密院事曲绌终献。礼成，坐大次，谓群臣曰：“朕缵承祖宗丕绪，夙夜祗栗，无以报称，岁惟四祀，使人代之，不能致如在之诚，实所未安。自今以始，岁必亲祀，经终朕身。”
五月，中书省臣言：“以庙制事，集徂史台、翰林院、太常院臣议。谨按前代庙室，多寡不同。晋则兄弟同为一室，正室增为十四间。东西各一间。唐九庙，后增为十一室。宋增室至十八，东西夹室地各一间，以藏祧主。今太庙虽分八室，然兄弟为世，止六世而已。世祖所建前庙后寝，往岁寝殿灾。请以今殿为寝，别作前庙十五间，中三间通为一室，以奉太祖神主，余以次为室，庶几情文得宜。谨上太常庙制。”帝曰：“善，期以来岁营之。”十二月，以受尊号，宜谢太庙。拜住言：“世祖议行一献礼，武宗则躬行谢礼。”诏依武宗故事。
二年春正月丁丑，始陈卤簿，亲享太庙。丞相拜住奏建太庙前殿，议行神配享之礼。三月二十三曰，以新作太庙正殿，权止夏秋二祭，秋八月丙辰，太皇太后崩，太常院官奏：“国哀以日易月，旬有二日外。乃举祀事。有司以十月戊辰，有事于太庙，取圣裁。”帝曰：“太庙礼不可废，迎香去乐可也。“又言：“太庙兴工未毕，有妨陈宫县乐，请止用登歌。”从之。三年春三月戊申，袝昭献元圣皇后于顺宗室。夏四月六日，上都分省参议速速，以都堂旨，太庙夹室未有制度，再约台院等官议定。博士议曰“按《尔雅》曰‘室有东西厢曰庙”，注‘夹室前堂’。同礼曰‘西夹南向’，注曰‘西厢夹室。’此东西夹室之正文也。贾公孽曰，室有东西厢曰庙，其夹皆在序。是则夹者，犹今耳房之类也。然其制度，则未之闻。东晋太庙正室一十六间，东西储各一间，共十有八。所谓储者，非夹室与？唐贞观故事，迁庙之主，蔑于夹室西壁，南北三间。又宋哲宗亦尝于东夹室奉安，后虽增建一室，其夹室仍旧。是唐、宋夹室，与诸室制度无大异也。五帝不相沿乐，三王相汀袭礼。今庙制皆不合古，权宜一时。宜取今庙一十五间，南北六间，东西两头一间，准唐甫北三间之制，垒至栋为三间，壁以红泥，以准东西序，南向为门，如今室户之制，虚前以准厢，所谓夹室前堂也。虽未尽合于古，于今事为宜。”六月，上都中书省以闻，帝从之。壬申，敕以太庙前殿十有五间，东二间为夹室，南向。秋七月辛卯，太庙落成。
已而国有大故，晋王即皇帝位。有司疑于昭穆之次。集群臣议之。翰林学士吴澄议曰：“世祖混一天下。悉考古制，遵而用之。古者天子七庙，庙各有宫。太祖居中，左三庙为昭，右三庙为穆。神主各以次递迁。其庙之宫，如今之中书六部。夫省部之设，仿于金、宋。岂宗宙次序，而不考古乎？”然有司急于行事，竟如旧次云。十二月戊辰，追尊皇考晋王为皇帝，庙号显宗，皇妣晋王妃为皇后。庚午，盗入太庙，失仁宗及慈圣皇后神主。壬申，重作仁庙二金主。丙午，御史赵成庆立：“太庙失神主，乃古今莫大之变。由太常礼官不恭阙职，宜正其罪，以谢宗庙，以安神灵。”制命中书定罪。泰定元年春正月甲午，奉安仁宗及慈圣皇后二神主。丁丑，御史宋本、赵成庆、李嘉宾言：“太庙失神主，已得旨，命中书定太常失守之罪。中书以为事在太庙署令，而大常官属居位如故。昔唐陵庙皆隶宗正。盗斫景陵门战架，既贬废令丞，而宗正卿亦皆贬黜。且神门戟架比之太庙神主，孰为轻重？宜定其罪名，显示黜罚，以惩不恪。”不报。
先是，博士刘致建议曰：
窃以礼其大于宗庙。宗庙者天下国家之本。礼乐刑政之所自出也。唐、虞、三代而下，靡不由之。圣元龙兴朔陲，积德累功，百有余年，而宗庙未有一定之制。方圣天子继统之初，定一代不刊之典，为万世法程，正在今日。
周制：天子七庙，三昭、三穆，昭处于东，穆处于西，所以别父子亲疏之序，而使不乱也。圣朝取唐、宋之制，定为九世，遂以旧庙八室而为六世，昭穆不分，父子并坐，不合《礼经》。新庙之制，一十五间，东西二间为夹室，太祖室既居中，则庙、宋之制不可依，惟当以昭穆列之。父为昭，子为穆，则睿宗当居太祖之东，为昭之第一世，世祖居西，为穆之第一世。裕宗居东，为昭之第二世，兄弟共为一世，则成宗、颀宗、显宗三室皆当居西，为穆之第二世。武宗、仁宗二室皆当居东，为昭之第三世。昭之后居左，穆之后居右，西以左为上，东以右为上也。苟或如此，则昭穆分明，秩然有序，不违《礼经》，可为万世法。
若以累朝定制，依室次于新庙迁安，则显宗跻颀宗之上，颀宗跻成宗之上。以礼言之，春秋闵公无子，庶兄僖公代立，其子文公遂跻僖公于闵公之上，史称逆祀。及定公正其序，书曰“从事先公”。然僖公犹是有位之君，尚不可居故君之上，况未尝正位者乎？
国家虽曰以右为尊，然古人所尚，或左或右，初无定制。古人右稷极而左宗庙，国家宗庙亦居东方。岂有建宗庙之方位既依《礼经》，而宗庙之昭穆反不应《礼经》乎？且如今朝贺或祭祀，宰相献官分班而立，居西则尚左，居东则尚右。及行礼就位，则西者复尚右，东得复尚左矣。
致职居博士，宗庙之事所宜建明，然事大体重，宜从使院移书集议取旨。
四月辛巳，中书省臣言：“世祖皇帝始建太庙。太祖皇帝居中南向，睿宗、世祖、裕宗神主以次袝西室，顺宗、成宗、武宗、仁宗以次袝东室。迩者集贤、翰林、太常诸臣言，国朝建太庙遵古制。古尚左，今尊者居右为少屈，非所以示后世。太祖皇帝居中南向，宜奉睿宗皇帝神主袝左一室，世祖袝右一室，裕宗袝睿宗室之左。显示、顺宗、成宗兄弟也，以次袝世祖室之右。武宗、仁宗亦兄弟也，以附裕宗室之左，英宗袝成宗室之右。臣等以其议近是，谨绘室次为图以欹，惟陛下裁择。“从之。五月戊戌，附显宗、英宗凡十室。“)