成化初，修《英宗实录》，起之忧中，固辞，不许。书成，进修撰，三迁至少詹事，充东宫讲官，受知于孝宗。既即位，进礼部右侍郎兼翰林学士，入内阁参预机务。弘治四年进尚书兼文渊阁大学士，累加太子太保，改武英殿。十一年春，进少傅兼太子太傅，代徐溥为首辅。
健学问深粹，正色敢言，以身任天下之重。清宁宫灾，太监李广有罪自杀。健与同列李东阳、谢迁疏言：“古帝王未有不遇灾而惧者。向来奸佞荧惑圣听，贿赂公行，赏罚失当，灾异之积，正此之由。今幸元恶殄丧，圣心开悟，而余慝未除，宿弊未革。伏愿奋发励精，进贤黜奸，明示赏罚。凡所当行，断在不疑，毋更因循，以贻后悔。”帝方嘉纳其言，而广党蔡昭等旋取旨予广祭葬、祠额。健等力谏，仅寝祠额。南北言官指陈时政，频有所论劾，一切皆不问。国子生江瑢劾健、东阳杜抑言路。帝慰留健、东阳，而下瑢于狱，二人力救得释。
十三年四月，大同告警，京师戒严。兵部请甄别京营诸将，帝召健及东阳、迁至平台面议去留。乃去遂安伯陈韶等三人，而召镇远侯顾溥督团营。时帝视朝颇晏，健等以为言，颔之而已。
十四年秋，帝以军兴缺饷，屡下廷议。健等言：“天下之财，其生有限。今光禄岁供增数十倍，诸方织作务为新巧，斋醮日费钜万。太仓所储不足饷战士，而内府取入动四五十万。宗籓、贵戚之求土田夺盐利者，亦数千万计。土木日兴，科敛不已。传奉冗官之俸薪，内府工匠之饩廪，岁增月积，无有穷期，财安得不匮？今陕西、辽东边患方殷，湖广、贵州军旅继动，不知何以应之。望陛下绝无益之费，躬行节俭，为中外倡，而令群臣得毕献其诚，讲求革弊之策，天下幸甚。”明年四月，以灾异陈勤朝讲、节财用、罢斋醮、公赏罚数事。及冬，南京、凤阳大水，廷臣多上言时务，久之不下。健等因极陈怠政之失，请勤听断以振纪纲，帝皆嘉纳。《大明会典》成，加少师兼太子太师、吏部尚书、华盖殿大学士。与东阳、迁同赐蟒衣。阁臣赐蟒自健等始。
帝孝事两宫太后甚谨，而两宫皆好佛、老。先是，清宁宫成，命灌顶国师设坛庆赞，又遣中官赍真武像，建醮武当山，使使诣泰山进神袍，或白昼散灯市上。帝重违太后意，曲从之，而健等谏甚力。十五年六月诏拟《释迦哑塔像赞》，十七年二月诏建延寿塔朝阳门外，除道士杜永祺等五人为真人，皆以健等力谏得寝。
是年夏，小王子谋犯大同，帝召见阁臣。健请简京营大帅，因言京军怯不任战，请自今罢其役作以养锐气。帝然之。退复条上防边事宜，悉报允。未几，边警狎至，帝惑中官苗逵言，锐欲出师。健与东阳、迁委曲阻之，帝意犹未回。兵部尚书刘大夏亦言京军不可动，乃止。
帝自十三年召对健等后，阁臣希得进见。及是在位久，益明习政事，数召见大臣，欲以次革烦苛，除宿弊。尝论及理财，东阳极言盐政弊坏，由陈乞者众，因而私贩数倍。健进曰：“太祖时茶法始行，驸马欧阳伦以私贩坐死，高皇后不能救。如伦事，孰敢为陛下言者？”帝曰：“非不敢言，不肯言耳。”遂诏户部核利弊，具议以闻。
当是时，健等三人同心辅政，竭情尽虑，知无不言。初或有从有不从，既乃益见信，所奏请无不纳，呼为“先生”而不名。每进见，帝辄屏左右。左右间从屏间窃听，但闻帝数数称善。诸进退文武大臣，厘饬屯田、盐、马诸政，健翊赞为多。
未几，帝疾大渐，召健等入乾清宫。帝力疾起坐，自叙即位始末甚详，令近侍书之。已，执健手曰：“先生辈辅导良苦。东宫聪明，但年尚幼，好逸乐。先生辈常劝之读书，辅为贤主。”健等欷歔，顿首受命而出。翌日帝崩。
武宗嗣位，健等厘诸弊政，凡孝宗所欲兴罢者，悉以遗诏行之。刘瑾者，东宫旧竖也，与马永成、谷大用、魏彬、张永、邱聚、高凤、罗祥等八人俱用事，时谓之“八