十年，督漕尚书凌云翼以运船由清江浦出口多艰险，乃自浦西开永济河四十五里，起城南窑湾，历龙江闸，至杨家涧出武家墩，折而东，合通济闸出口。更置闸三，以备清江浦之险。是时漕河就治，淮、扬免水灾者十馀年。初，黄河之害漕也，自金龙口而东，则会通以淤。迨塞沙湾、张秋闸，漕以安，则徐、氵市间数被其害。至崔镇高堰之决，黄、淮交涨而害漕，乃在淮、扬间，湖溃则败漕。季驯以高堰障洪泽，俾堰东四湖勿受淮侵，漕始无败。而河漕诸臣惧湖害，日夜常惴惴。
十三年从总漕都御史李世达议，开宝应月河。宝应汜光湖，诸湖中最湍险者也，广百二十馀里。槐角楼当其中，形曲如箕，瓦店翼其南，秤钩湾翼其北。西风鼓浪，往往覆舟。陈瑄筑堤湖东，蓄水为运道。上有所受，下无所宣，遂决为八浅，汇为六潭，兴、盐诸场皆没。而淮水又从周家桥漫入，溺人民，害漕运。武宗末年，郎中杨最请开月河，部覆不从。嘉靖中，工部郎中陈毓贤、户部员外范韶、御史闻人诠、运粮千户李显皆以为言，议行未果。至是，工部郎中许应逵建议，世达用其言以奏，乃决行之。浚河千七百馀丈，置石闸三，减水闸二，筑堤九千馀丈，石堤三之一，子堤五千馀丈。工成，赐名弘济。寻改石闸为平水闸。应逵又筑高邮护城堤。其后，弘济南北闸，夏秋淮涨，吞吐不及，舟多覆者。神宗季年，督漕侍郎陈荐於南北各开月河以杀河怒，而溜始平。
十五年，督漕侍郎杨一魁请修高家堰以保上流，砌范家口以制旁决，疏草湾以杀河势，修礼坝以保新城。诏如其议。一魁又改建古洪闸。先是，汶、泗之水由茶城会黄河。隆庆间，浊流倒灌，稽阻运船，郎中陈瑛移黄河口於茶城东八里，建古洪、内华二闸，漕河从古洪出口。后黄水发，淤益甚。一魁既改古洪，帝又从给事中常居敬言，令增筑镇口闸於古洪外，距河仅八十丈，吐纳益易，粮运利之。
工部尚书石星议季驯、居敬条上善后事宜，请分地责成：接筑塔山缕堤，清江浦草坝，创筑宝应西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤浅，当在淮、扬兴举；察复南旺、马踏、蜀山、马场四湖，建筑坎河滚水坝，加建通济、永通二闸，察复安山湖地，当在山东兴举。帝从其议。未几，众工皆成。
十九年，季驯言：“宿迁以南，地形西□，请开缕堤放水。沙随水入，地随沙高，庶水患消而费可省。”又请易高家堰土堤为石，筑满家闸西拦河坝，使汶、泗尽归新河。设减水闸於李家口，以泄沛县积水。从之。十月，淮湖大涨，江都淳家湾石堤、邵伯南坝、高邮中堤、硃家墩、清水潭皆决。郎中黄日谨筑塞仅竣，而山阳堤亦决。
二十一年五月，恒雨。漕河泛溢，溃济宁及淮河诸堤岸。总河尚书舒应龙议：筑堽城坝，遏汶水之南，开马踏湖月河口，导汶水之北。开通济闸，放月河土坝以杀汹涌之势。从其奏。数年之间，会通上下无阻，而黄、淮并涨，高堰及高邮堤数决害漕。应龙卒罢去。建议者纷纷，未有所定。
杨一魁代应龙为总河尚书，力主分黄导淮。治逾年，工将竣，又请决湖水以疏漕渠，言：“高、宝诸湖本沃壤也，自淮、黄逆壅，遂成昏垫。今入江入海之路即浚，宜开治泾河、子婴沟、金湾河诸闸及瓜、仪二闸，大放湖水，就湖疏渠，与高、宝月河相接。既避运道风波之险，而水涸成田，给民耕种，渐议起科，可充河费。”命如议行。时下流既疏，淮水渐帖，而河方决黄堌口。督漕都御史褚鈇恐泄太多，徐、邳淤阻，力请塞之。一魁持不可，浚两河口至小浮桥故道以通漕。然河大势南徙，二洪漕屡涸，复大挑黄堌下之李吉口，挽黄以济之，非久辄淤。
一魁入掌部事。二十六年，刘东星继之，守一魁旧议，李吉口淤益高。岁冬月，即其地开一小河，春夏引水入徐州，如是者三年，大抵至秋即淤。乃复开赵家圈以接黄，开泇河以济运。赵家圈旋淤，泇河未复，