衡召入为工部尚书，都御史翁大立代，上言：“漕河资泉水，而地形东高西下，非湖潴之则涸，故漕河以东皆有柜；非湖泄之则溃，故漕河以西皆有壑。黄流逆奔，则以昭阳湖为散漫之区；山水东突，则以南阳湖为潴蓄之地。宜由回回墓开通以达鸿沟，令谷亭、湖陵之水皆入昭阳湖，即浚鸿沟废渠，引昭阳湖水沿渠东出留城。其湖地退滩者，又可得田数千顷。”大立又言：“薛河水湍悍，今尽注赤山湖，入微山湖以达吕孟湖，此尚书衡成绩也。惟吕孟之南为邵家岭，黄流填淤，地形高仰，秋水时至，翕纳者小，浸淫平野，夺民田之利。微山之西为马家桥，比草创一堤以开运道，土未及坚而时为积水所撼，以寻丈之址，二流夹攻，虑有倾圮。宜凿邵家岭，令水由地浜沟出境山以入漕河，则湖地可耕，河堤不溃。更於马家桥建减水闸，视旱涝为启闭，乃通漕长策也。”并从之。
三年七月，河决沛县，茶城淤塞，粮艘二千馀皆阻邳州。大立言：“臣按行徐州，循子房山，过梁山，至境山，入地浜沟，直趋马家桥，上下八十里间，可别开一河以漕。”即所谓泇河也。请集廷议，上即命行之。未几，黄落漕通，前议遂寝。时淮水涨溢，自清河至淮安城西淤三十馀里，决礼、信二坝出海，宝应湖堤多坏。山东诸水从直河出邳州。大立以闻。其冬，自淮安板闸至清河西湖嘴开浚垂成，而里口复塞。督漕侍郎赵孔昭言：“清江一带黄河五十里，宜筑堰以防河溢；淮河高良涧一带七十馀里，宜筑堰以防淮涨。”帝令亟浚里口，与大立商筑堰事宜，并议海口筑塞及宝应月河二事。
四年六月，淮河及鸿沟境山疏浚工竣。大立方奏闻，诸水忽骤溢，决仲家浅，与黄河合，茶城复淤。未几，自泰山庙至七里沟，淮河淤十馀里，其水从硃家沟旁出，至清河县河南镇以合於黄河。大立请开新庄闸以通回船，兼浚古睢河，泄二洪水，且分河自鱼沟下草湾，保南北运道。帝命新任总河都御史潘季驯区画。顷之，河大决邳州，睢宁运道淤百馀里。大立请开泇口、萧县二河。会季驯筑塞诸决，河水归正流，漕船获通。大立、孔昭皆以迟误漕粮削籍，开泇之议不果行。
五年四月，河复决邳州王家口，自双沟而下，南北决口十馀，损漕船运军千计，没粮四十万馀石，而匙头湾以下八十里皆淤。於是胶、莱海运之议纷起。会季驯奏邳河功成。帝以漕运迟，遣给事中雒遵往勘。总漕陈炌及季驯俱罢官。
六年，从雒遵言，修筑茶城至清河长堤五百五十里，三里一铺，铺十夫，设官画地而守。又接筑茶城至开封两岸堤。从硃衡言，缮丰、沛大黄堤。衡又言：“漕河起仪真讫张家湾二千八百馀里，河势凡四段，各不相同。清江浦以南，临清以北，皆远隔黄河，不烦用力。惟茶城至临清，则闸诸泉为河，与黄相近。清河至茶城，则黄河即运河也。茶城以北，当防黄河之决而入；茶城以南，当防黄河之决而出。防黄河即所以保运河，故自茶城至邳、迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞缺口，盖以防黄水之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城秦沟口至丰、沛、曹、单，创筑增筑以接缕水旧堤，盖以防黄水之入，则正河必决，往年曹、沛之患是也。二处告竣，故河深水束，无旁决中溃之虞。氵市县之窑子头至秦沟口，应筑堤七十里，接古北堤。徐、邳之间，堤逼河身，宜於新堤外别筑遥堤。”诏如其议，以命总河侍郎万恭。
万历元年，恭言：“祖宗时造浅船近万，非不知满载省舟之便，以闸河流浅，故不敢过四百石也。其制底平、仓浅，底平则入水不深，仓浅则负载不满。又限浅船用水不得过六拏，伸大指与食指相距为一拏，六拏不过三尺许，明受水浅也。今不务遵行，而竞雇船搭运。雇船有三害，搭运有五害，皆病河道。请悉遵旧制。”从之。
恭又请复淮南平水诸闸，上言：“高、宝诸湖周遭数百里，西受天长七十馀河，徒恃百里长堤，