於是条上六议：曰塞决口以挽正河，曰筑堤防以杜溃决，曰复闸坝以防外河，曰创滚水坝以固堤岸，曰止浚海工程以省糜费，曰寝开老黄河之议以仍利涉。帝悉从其请。
七年十月，两河工成，赉季驯、一麟银币，而遣给事中尹瑾勘实。八年春进季驯太子太保工部尚书，廕一子。一麟等迁擢有差。是役也，筑高家堰堤六十馀里，归仁集堤四十馀里，柳浦湾堤东西七十馀里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千馀丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十馀里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸於甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑，费帑金五十六万有奇。其秋擢季驯南京兵部尚书。季驯又请复新集至小浮桥故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等不可而止。自桂芳、季驯时罢总河不设，其后但以督漕兼理河道。高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患。
至十五年，封丘、偃师、东明、长垣屡被冲决。大学士申时行言：“河所决地在三省，守臣画地分修，易推委。河道未大坏，不必设都御史，宜遣风力老成给事中一人行河。”乃命工科都给事中常居敬往。居敬请修筑大社集东至白茅集长堤百里。从之。
初，黄河由徐州小浮桥入运，其河深且近洪，能刷洪以深河，利於运道。后渐徙沛县飞云桥及徐州大、小溜沟。至嘉靖末，决邵家口，出秦沟，由浊河口入运，河浅，迫茶城，茶城岁淤，运道数害。万历五年冬，河复南趋，出小浮桥故道，未几复堙。潘季驯之塞崔镇也，厚筑堤岸，束水归漕。嗣后水发，河臣辄加堤，而河身日高矣。於是督漕佥都御史杨一魁欲复黄河故道，请自归德以下丁家道口浚至石将军庙，令河仍自小浮桥出。又言：“善治水者，以疏不以障。年来堤上加堤，水高凌空，不啻过颡。滨河城郭，决水可灌。宜测河身深浅，随处挑浚，而於黄河分流故道，设减水石门以泄暴涨。”给事中王士性则请复老黄河故道。大略言：
“自徐而下，河身日高，而为堤以束之，堤与徐州城等。束益急，流益迅，委全力於淮而淮不任。故昔之黄、淮合，今黄强而淮益缩，不复合矣。黄强而一启天妃、通济诸闸，则灌运河如建瓴。高、宝一梗，江南之运坐废。淮缩则退而侵泗。为祖陵计，不得不建石堤护之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而后入海。淮安、高、宝、盐、兴数百万生灵之命托之一丸泥，决则尽成鱼暇矣。
纷纷之议，有欲增堤泗州者，有欲开颜家、灌口、永济三河，南甃高家堰、北筑滚水坝者。总不如复河故道，为一劳永逸之计也。河故道由三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北别有济运河，在县南盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子滩凡九十里，□下不耕，无室庐填墓之碍，虽开河费钜，而故道一复，为利无穷。”
议皆未定。居敬及御史乔璧星皆请复专设总理大臣。乃命潘季驯为右都御史总督河道。
时帝从居敬言，罢老黄河议，而季驯抵官，言：“亲集故道，故老言‘铜帮铁底’，当开，但岁俭费繁，未能遽行。”又言：“黄水浊而强，汶、泗清且弱，交会茶城。伏秋黄水发，则倒灌人漕，沙停而淤，势所必至。然黄水一落，漕即从之，沙随水去，不浚自通，纵有浅阻，不过旬日。往时建古洪、内华二闸，黄涨则闭闸以遏浊流，黄退则启闸以纵泉水。近者居敬复增建镇口闸，去河愈近，则吐纳愈易。但当严闸禁如清江浦三闸之法，则河渠永赖矣。”帝方委季驯，即从其言，罢故道之议。未几，水患益甚。
十七年六月，黄水暴涨，决兽医口月堤，漫李景高口新堤，冲入夏镇内河，坏田庐，没人民无算。十月，决口塞。十八年，大溢，徐州水积城中者逾年。众议迁城改河。季驯浚魁山支河以通之，起苏伯湖至小河口，积水乃消。十九年九月，泗州大水