明初，又于各行省置都镇抚司，设都镇抚，从四品副镇抚，从五品知事。从八品吴元年改都镇抚正五品，副镇抚正六品，知事为提控案牍，省注。洪武六年罢。
卫指挥使司，设官如京卫。品秩并同外卫各统于都司、行都司或留守司。率世官，或有流官。凡袭替、升授、优给、优养及属所军政，掌印、佥事报都指挥使司，达所隶都督府，移兵部。每岁抚、按察其贤否，五岁一考选军政，废置之。凡管理卫事，惟属掌印、佥书。不论指挥使、同知、佥事，考选其才者充之。分理屯田、验军、营操、巡捕、漕运、备御、出哨、入卫、戍守、军器诸杂务，曰见任管事；不任事入队，曰带俸差操。征行，则率其属，听所命主帅调度。
所，千户所，正千户一人，正五品副千户二人，从五品，镇抚二人，从六品其属，吏目一人。所辖百户所凡十，共百户十人，正六品。升授、改调、增置无定员。总旗二十人，小旗百人。其守御千户所，军民千户所设官并同。凡千户，一人掌印，一人佥书，曰管军。千户、百户，有试，有实授。其掌印，恒以一人兼数印。凡军政，卫下于所，千户督百户，百户下总旗、小旗，率其卒伍以听令。镇抚无狱事，则管军，百户缺，则代之。其守御千户所，不隶卫，而自达于都司。凡卫所皆隶都司，而都司又分隶五军都督府。浙江都司、山东都司、辽东都司，隶左军都督府。陕西都司、陕西行都司、四川都司、四川行都司、广西都司、云南都司、贵州都司，隶右军都督府。中都留守司、河南都司，隶中军都督府。兴都留守司、湖广都司、湖广行都司、福建都司、福建行都司、江西都司、广东都司，隶前军都督府。大宁都司、万全都司、山西都司、山西行都司，隶后军都督府。
明初，置千户所，设正千户，正五品副千户，从五品镇抚、百户。正六品又立各万户府，设正万户，正四品副万户，从四品知事，从八品照磨。正九品寻以名不称实，遂罢万户府，而设指挥使及千户等官。核诸将所部有兵五千者为指挥使，千人者为千户，百人者为百户，五十人为总旗，十人为小旗。洪武二年，置刻期百户所，选能疾行者二百人，以百户领之。七年，申定卫所之制。先是，内外卫所，凡一卫统十千户，一千户统十百户，百户领总旗二，总旗领小旗五，小旗领军十。至是更定其制，每卫设前、后、中、左、右五千户所，大率以五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百一十二人为一百户所，每百户所设总旗二人，小旗十人。二十年，始命各卫立掌印、佥书，专职理事，以指挥使掌印，同知、佥事各领一所。士卒有武艺不娴、器械不利者，皆责所领之官。二十三年，又设军民指挥使司、军民千户所，计天下内外卫凡五百四十有七，所凡二千五百九十有三。自卫指挥以下其官多世袭，其军士亦父子相继，为一代定制。
土官，宣慰使司，宣慰使一人，从三品同知一人，正四品副使一人，从四品佥事一人。正五品经历司，经历一人，从七品都事一人。正八品
宣抚司，宣抚使一人，从四品同知一人，正五品副使一人，从五品佥事一人。正六品经历司，经历一人，从八品知事一人，正九品照磨一人。从九品
安抚司，安抚使一人，从五品同知一人，正六品副使一人，从六品佥事一人。正七品其属，吏目一人。从九品
招讨司，招讨使一人，从五品副招讨一人。正六品其属，吏目一人。从九品
长官司，长官一人，正六品副长官一人，从七品其属，吏目一人。未入流蛮夷长官司，长官、副长官各一人。品同上又有蛮夷官、苗民官及千夫长、副千夫长等官。
军民府、土州、土县，设官如府州县。
洪武七年，西南诸蛮夷朝贡，多因元官授之，稍与约束，定征徭差发之法。渐为宣慰司者十一，为招讨司者一，为宣抚司者十，为安抚司者十九，为长官司者百七十有三。其府州县正贰属官，或土或流，大率宣慰等司经历皆流官，府州县佐贰多流官。皆因其俗，使之附辑诸蛮，谨守疆土，修职贡，供征调，无相携贰。有相仇者，疏上听命于天子。又有番夷都指挥使司三，卫指挥使司三百八十五，宣慰司三，招讨司六，万户府四，千户所四十一，站七，地面七，寨一，详见《兵志·卫所》中。并以附寨番夷官其地。