洪武元年置刑部。六年，增尚书、侍郎各一人。设总部、比部、都官部、司门部，部设郎中、员外郎各二人，惟都官各一人。总部、比部主事各六人，都官、司门主事各四人。八年，以部事浩繁，增设四科，科设尚书、侍郎、郎中各一人，员外郎二人，主事五人。十三年，升部秩，设尚书一人，侍郎一人，仍分四属部，部设郎中、员外郎各一人，总部、比部主事各四人，都官、司门主事各二人，寻增侍郎一人。始分左、右侍郎。二十二年，改总部为宪部。二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，浙江部兼领云南。部各设官，如户部之制。二十九年，改为十二清吏司。永乐元年以北平为北京。十八年，革北京司，增置云南、贵州、交阯三司。宣德十年，革交阯司，遂定为十三清吏司。
工部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其属，司务厅，司务二人。从九品营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司，各郎中一人，正五品，后增设都水司郎中四人。员外郎一人，从五品，后增设营膳司员外郎二人，虞衡司员外郎一人。主事二人。正六品，后增设都水司主事五人，营膳司主事三人，虞衡司主事二人，屯田司主事一人。所辖，营缮所，所正一人，正七品所副二人，正八品所丞二人。正九品文思院，大使一人，正九品副使二人。从九品皮作局，大使一人，正九品副使二人。从九品，后革。鞍辔局，大使一人，正九品副使一人。从九品。隆庆元年，大使、副使俱革。宝源局，大使一人，正九品副使一人。从九品，嘉靖间革。颜料局，大使一人，正九品，后革。军器局，大使一人，正九品副使二人，后革一人。节慎库，大使一人，从九品。嘉靖八年设。织染所、杂造局，大使一人，正九品副使一人。从九品广积、通积、卢沟桥、通州、白河各抽分竹木局，大使各一人，副使各一人。大通关提举司，提举一人，正八品，万历二年革。副提举二人，正九品典史一人。后副提举、典史俱革。柴炭司，大使一人，从九品副使一人。
尚书，掌天下百官、山泽之政令。侍郎佐之。
营缮，典经营兴作之事。凡宫殿、陵寝、城郭、坛场、祠庙、仓库、廨宇、营房、王府邸第之役，鸠工会材，以时程督之。凡卤簿、仪仗、乐器，移内府及所司，各以其职治之，而以时省其坚洁，而董其窳滥。凡置狱具，必如律。凡工匠二等：曰轮班，三岁一役，役不过三月，皆复其家；曰住坐，月役一旬，有稍食。工役二等，以处罪人输作者，曰正工，曰杂工。杂工三日当正工一日，皆视役大小而拨节之。凡物料储偫，曰神木厂，曰大木厂，以蓄材木，曰黑窑厂，曰琉璃厂，以陶瓦器，曰台基厂，以贮薪苇，皆籍其数以供修作之用。
虞衡，典山泽采捕、陶冶之事。凡鸟兽之肉、皮革、骨角、羽毛，可以供祭祀、宾客、膳羞之需，礼器、军实之用，岁下诸司采捕。水课禽十八、兽十二，陆课兽十八、禽十二，皆以其时。冬春之交，罝罛不施川泽；春夏之交，毒药不施原野。苗盛禁蹂躏，谷登禁焚燎。若害兽，听为陷阱获之，赏有差。凡诸陵山麓，不得入斧斤、开窑冶、置墓坟。凡帝王、圣贤、忠义、名山、岳镇、陵墓、祠庙有功德于民者，禁樵牧。凡山场、园林之利，听民取而薄征之。凡军装、兵械，下所司造，同兵部省之，必程其坚致。凡陶甄之事，有岁供，有暂供，有停减，籍其数，会其入，毋轻毁以费民。凡诸冶，饬其材，审其模范，付有司。钱必准铢两，进于内府而颁之。牌符、火器，铸于内府，禁其以法式泄于外。凡颜料，非其土产不以征。
都水，典川泽、陂池、桥道、舟车、织造、券契、量衡之事。水利曰转漕，曰灌田。岁储其金石、竹木、卷埽，以时修其闸坝、洪浅、堰圩、堤防，谨蓄泄以备旱潦，无使坏田庐、坟隧、禾稼。舟楫、硙碾者不得与灌田争利，灌