职方，掌舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨之事。凡天下地里险易远近，边腹疆界，俱有图本，三岁一报，与官军车骑之数偕上。凡军制内外相维，武官不得辄下符征发。自都督府，都指挥司，留守司，内外卫守御、屯田、群牧千户所，仪卫司，土司，诸番都司卫所，各统其官军及其部落，以听征调、守卫、朝贡、保塞之令。以时修浚其城池而阅视之。凡镇戍将校五等：曰镇守，曰协守，曰分守，曰守备，曰备倭。皆因事增置，视地险要，设兵屯戍之。凡京营操练，统以文武大臣，皆科道官巡视之。若将军营练，将军四卫营练，及勇士、幼官、舍人等营练，则讨其军实，稽其什伍，察其存逸闲否，以教其坐作、进退、疾徐、疏数之节，金鼓、麾旗之号。征讨请命将出师，悬赏罚，调兵食，纪功过，以黜陟之。以堡塞障边徼，以烽火传声息，以关津诘奸细，以缉捕弭盗贼，以快壮简乡民，以勾解、收充、抽选、并豁、疏放、存恤之法整军伍。
车驾，掌卤簿、仪仗、禁卫、驿传、厩牧之事。凡卤簿大驾，大典礼、大朝会设之；丹陛驾，常朝设之；武陈驾，世宗南巡时设之。皆辨其物数，以授所司。慈宫、中宫之卤簿，东宫、宗籓之仪仗，亦如之。凡侍卫，御殿全直，常朝番直，守卫、亲军卫，画前、后、左、右四门为四行，而日夜巡警之。守卫皇城，前午门为一行，后玄武门为一行，左东华门为一行，右西华门为一行。凡邮传，在京师曰会同馆，在外曰驿，曰递运所，皆以符验关券行之。凡马政，其专理者，太仆、苑马二寺，稽其簿籍，以时程其登耗，惟内厩不会。
武库，掌戎器、符勘、尺籍、武学、薪隶之事。凡内外官军有征行，移工部给器仗，籍纪其数，制敕下各边征发。及使人出关，必验勘合。军伍缺，下诸省府州县勾之。以跟捕、纪录、开户、给除、停勾之法，核其召募、垛集、罪谪、改调营丁尺籍之数。凡武职幼官，及子弟未嗣官者，于武学习业，以主事一人监督之。考稽学官之贤否、肄习之勤怠以闻。诸司官署供应有柴薪，直衙有皁隶，视官品为差。
初，洪武元年置兵部。六年，增尚书一人，侍郎一人。置总部、驾部并职方三部，设郎中、员外郎、主事，如吏部之数。十三年，升部秩，设尚书、侍郎各一人，又增置库部为四属部，部设郎中、员外郎、主事各一人。十四年，增试侍郎一人。二十二年改总部为司马部。二十九年，定改四部为武选、职方、车驾、武库四清吏司。惟职方仍旧名。景泰中，增设尚书一人，协理部事，天顺初罢。隆庆四年添注侍郎二人，寻罢。万历末年复置。
协理京营戎政一人，或尚书，或侍郎，或右都御史。掌京营操练之事。永乐初，设三大营，总于武将。景泰元年始设提督团营，命兵部尚书于谦兼领之，后罢。成化三年复设，率以本部尚书或都御史兼之。嘉靖二十年，始命尚书刘天和辍部务，另给关防，专理戎政。二十九年，以“总督京营戎政”之印畀仇鸾，而改设本部侍郎协理戎政，不给关防。万历九年裁革，十一年复设。天启初，增设协理一人，寻革。崇祯二年复增一人，以庶吉士刘之纶为兵部侍郎充之。
刑部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其属，司务厅，司务二人。从九品浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司，各郎中一人，正五品员外郎一人，从五品主事二人。正六品。正统六年，十三司俱增设主事一人。成化元年增设四川、广西二司主事各一人，后革。万历中，又革湖广、陕西、山东、福建四司主事各一人。照磨所，照磨，正八品检校，正九品各一人。司狱司，司狱六人，从九品。
尚书，掌天下刑名及徒隶、勾覆、关禁之政令。侍郎佐之。
十三司，各掌其分省及兼领所分京府、直隶之刑名。浙江司带管崇府、中军都督府、刑科、内官、御用、司设等