嘉靖元年七月，南京暴风雨，江水涌溢，郊社、陵寝、宫阙、城垣吻脊栏楯皆坏。拔树万余株，江船漂没甚众。庐、凤、淮、扬四府同日大风雨雹，河水泛涨，溺死人畜无算。二年七月，扬、徐复大水。夏、秋间，山东州县俱大水。八月，苏、松、常、镇四府大水，开封亦如之。五年六月，陕西五郎坝大水三丈余，冲决官舍。徐、沛河溢，坏丰县城。六年秋，湖广水。十六年秋，两畿、山东、河南、陕西、浙江各被水灾，湖广尤甚。二十六年七月丙辰，曹县河决，城池漂没，溺死者甚众。二十七年正月，氵幵阳大水没城。
隆庆元年夏，京师大水。六月，新河鲇鱼口沉运船数百艘。是岁，襄阳、郧阳水。二年七月，台州飓风，海潮大涨，挟天台山诸水入城，三日溺死三万余人，没田十五万亩，坏庐舍五万区。三年闰六月，真定、保定、淮安、济南、浙江、江南俱大水。七月壬午，河决沛县，自考城、虞城、曹、单、丰、沛至徐州，坏田庐无算。九月，淮水溢，自清河至通济闸及淮安城西，淤三十里，决二坝入海。莒、沂、郯城之水又溢出邳州，溺人民甚众。四年七月，沙、薛、汶、泗诸水骤溢，决仲家浅等漕堤。八月，陕西大水，河决邳州。五年四月，又决邳州，自曲头集至王家口新堤多坏。是岁，山东、河南大水。
万历元年七月，荆州、承天大水。二年六月，福建永定大水，溺七百余人。是岁，海盐海大溢，死者数千人。八月庚午，淮安、扬州、徐州河溢伤稼。三年四月，淮、徐大水。五月，淮水大决。六月，杭、嘉、宁、绍四府海涌数丈，没战船、庐舍、人畜不计其数。八月，淮、扬、凤、徐四府州大水，河决高邮、砀山及邵家口、曹家庄。九月，苏、松、常、镇四府俱水。四年正月，高邮清水堤决。九月，河决丰、沛、曹、单。十一月，淮、黄交溢。五年闰八月，徐州河淤，淮河南徙，决高邮、宝应诸湖堤。六年六月，清河水溢。七年五月，苏、松、凤阳、徐州大水。八月，又水。是岁，浙江大水。九年五月，从化、增城、龙门溪壑泛涨，田禾尽没，淹死男妇无算。七月，福安洪水逾城，漂没庐舍殆尽。八月，泰兴、海门、如皋大水，塘圩坡埂尽决，溺死者甚众。十年正月，淮、扬海涨，浸丰利等盐场三十，淹死二千六百余人。七月，苏、松六州县潮溢，坏田禾十万顷，溺死者二万人。十一年四月，承天江水暴涨，漂没民庐人畜无算。金州河溢没城。十四年夏，江南、浙江、江西、湖广、广东、福建、云南、辽东大水。十五年五月，浙江大水。七月，开封及陕州、灵宝河决。是岁，杭、嘉、湖、应天、太平五府江湖泛溢，平地水深丈余。七月终，飓风大作，环数百里，一望成湖。十六年八月，河决东光魏家口。十七年六月，浙江海沸，杭、嘉、宁、绍、台属县廨宇多圮，碎官民船及战舸，压溺者三百余人。十九年六月，苏、松大水，溺人数万。七月，宁、绍、苏、松、常五府滨海潮溢，伤稼淹人。九月，泗州大水，州治浸三尺。淮水高于城，祖陵被浸。十月，扬州湖淮涨溢，决邵伯堤五十余丈，高邮南北闸俱冲。二十年夏秋，真、顺、广、大四府水。二十一年五月，邳州、高邮、宝应大水决湖堤。二十二年七月，凤阳、庐州大水。二十三年四月，泗水浸祖陵。二十四年秋，杭、嘉、湖三府大水。二十九年八月，沔阳大水入城。三十年六月，京师大水。三十一年五月，成安、永年、肥乡、安州、深泽，漳、滏、沙、燕河并溢，决堤横流。祁州、静海圮城垣、庐舍殆尽。六月，泰安大水，淹八百余人。八月，泉州诸府海水暴涨，溺死万余人。三十二年六月，昌平大水，坏各陵桥道。七月，永平、真、保三府俱水，淹男妇无算。八月，河决苏家庄，淹丰、沛，黄水逆流灌济宁、鱼台、单县。三十五年六月，黄州蛟起，武昌、承天、郧阳、岳州、常德大水，漂没庐舍。徽州、宁国、太平、严州四府山水大涌，漂人口甚众。