兄布以论市易事被责，亦夺肇主判。滞于馆下，又多希旨窥伺者，众皆危之，肇恬然无愠。曾公亮薨，肇状其行，神宗览而嘉之。迁国史编修官，进吏部郎中，迁右司，为《神宗实录》检讨。元祐初，擢起居舍人。未几，为中书舍人。论叶康直知秦州不当，执政讶不先白，御史因攻之。肇求去，范纯仁语于朝曰：“若善人不见容，吾辈不可居此矣。”力为之言，乃得释。
门下侍郎韩维奏范百禄事，太皇太后以为谗毁，出守邓。肇言：“维为朝廷辨邪正是非，不可以疑似逐。”不草制。谏议大夫王觌，以论胡宗愈，出守润，肇言：“陛下寄腹心于大臣，寄耳目于台谏，二者相须，阙一不可。今觌论执政即去之，是爱腹心而涂耳目也。”帝悟，加觌直龙图阁。
太皇受册，诏遵章献故事，御文德殿。肇言：“天圣初，两制定议受册崇政，仁宗特改焉，此盖一时之制。今帝述仁宗故事，以极崇奉孝敬之诚，可谓至矣。臣窃谓太皇当于此时特下诏扬帝孝敬之诚，而固执谦德，屈从天圣两制之议，止于崇政，则帝孝愈显，太皇之德愈尊矣。”坤成节上寿，议令百官班崇政。肇又言：“天圣三年，近臣班殿廷，百官止请内东门拜表。至九年，始御会庆。今太皇盛德，不肯自同章献，宜如三年之制。”并从之。
四年，春旱，有司犹讲春宴。肇同彭汝砺上疏曰：“天菑方作，正君臣侧身畏惧之时。乃相与饮食燕乐，恐无以消复天变。”翼日，有旨罢宴。蔡确贬新州，肇先与汝砺相约极论。会除给事中，汝砺独封还制书，言者谓肇卖友，略不自辨。以宝文阁待制知颍州，徙邓、齐、陈州、应天府。
七年，入为吏部侍郎。肇在礼院时，启亲祠北郊之议。是岁当郊，肇坚抗前说，既而合祭天地，乃自劾，改刑部。请不已，出知徐州，徙江宁府。帝亲政，更用旧臣，数称肇议礼，趣入对。肇言：“人主虽有自然之圣质，必赖左右前后得人，以为立政之本。宜于此时选忠信端良之士，置诸近班，以参谋议，备顾问。与夫深处法宫，亲近□御，其损益相去万万矣。”贵近恶其语，出知瀛州，与兄布易地。时方治实录讥讪罪，降为滁州。稍复集贤殿修撰。历泰州、海州。徽宗即位，复召为中书舍人。
日食四月朔，当降诏求言。肇具述帝旨，诏下，投匦者如织。章惇恶之，欲因事去肇，帝不听。元祐臣僚被谴者，咸以赦恩甄叙。肇请亻并录死者，作训词，哀厚恻怛，读者为之感怆。迁翰林学士兼侍读。谏官陈瓘、给事中龚原以言得罪，无敢救，肇极力论解。时论者谓元祐、绍圣，均为有失，兄布传帝命，使肇作诏谕天下。肇见帝言：“陛下思建皇极，以消弭朋党，须先分别君子小人，赏善罚恶，不可偏废。”开说备至。已而诏从中出。布之拜相，肇适当制，国朝学士弟草兄制，唯韩维与肇，为衣冠荣。建中靖国元年，太史奏日又当食四月。肇请对言：“比岁日食正阳，咎异章著。陛下简俭清净之化，或衰于前；声色服玩之好，或萌于心；忠邪贤不肖，或有未辨；赏庆刑威，或有未当。左右阿谀，壅蔽矫举，民冤失职，郁不得伸。此宜反覆循省，痛自克责，以塞天变。”言发涕下，帝悚然顺纳。
兄布在相位，引故事避禁职，拜龙图阁学士、提举中太一宫。未几，出知陈州，历太原、应天府、扬定二州。崇宁初，落职，谪知和州，徙岳州，继贬濮州团练副使，安置汀州。四年，归润而卒，年六十一。
自熙宁以来四十年，大臣更用事，邪正相轧，党论屡起，肇身更其间，数不合。兄布与韩忠彦并相，日夕倾危之。肇既居外，移书告之曰：“兄方得君，当引用善人，翊正道，以杜惇、卞复起之萌。而数月以来，所谓端人吉士，继迹去朝，所进以为辅佐、侍从、台谏，往往皆前日事惇、卞者。一旦势异今日，必首引之以为固位计，思之可为恸哭。比来主意已移，小人道长。进则必论元祐人于帝前，退则尽排元祐者于要路。异时惇、卞纵未至，一蔡京足以兼二人，可不深虑。”布不能从。未几，京得政，布与肇俱不免。
肇天资仁厚，而容貌端严。自少力学，博览经传，为文温润有法。更十一州，类多善政。绍兴初，谥曰文昭。子统，至左谏议大夫。
论曰：刘敞博学雄文，邻于邃古，其为考功，仁宗赐夏竦谥，上疏争之，以为人主不可侵臣下之官；及奉诏定乐，中贵预列，又谏曰：“臣惧为袁盎所笑。”此岂事君为容悦者哉。分攵虽疏隽，文埒于敞。奉世克肖，世称“三刘”。曾巩立言于欧阳修、王安石间，纡徐而不烦，简奥而不晦，卓然自成一家，可谓难矣。肇以儒者而有能吏之才。宋之中叶，文学法理，咸精其能，若刘氏、曾氏之家学，盖有两汉之风焉。“)