神宗欲更制度，建议之臣以为唐铨与今选殊异，杂用其制，则有留碍烦紊之弊。始刊削旧条，务从简便，因废南曹而并归之于铨。初，审官西院与东院对掌文武，寻改从吏部，而左、右选分焉。祖宗以来，中书有堂选，百司、郡县有奏举，虽小大殊科，然皆不隶于有司。暨元丰罢奏举阙，属之铨曹，而堂选亦不领于中书，一时更制，必欲公天下而诒永久。于是除免选之恩，重出官之试，定赏罚之则，酌资荫之宜。凡设试以待命士而入之铨注者，自荫补、铨试之外，有进士律义、武臣呈试及试刑法官等，而铨试所受为特广。中书言：“选人守选，有及三年方遇恩放选者，或适归选而遽遇恩，既为不均，且荫补免试注官，以不习事多失职，试者又止试诗，岂足甄才？已受任而无劳绩，举荐及免试恩法，须再试书判三道，然亦虚文。”
熙宁四年，遂定铨试之制：凡守选者，岁以二月、八月试断按二，或律令大义五，或议三道，后增试经义。差官同铨曹撰式考试，第为三等，上等免选注官，优等升资如判超格，无出身者赐之出身。自是不复试判，仍去免选恩格，若历任有举者五人，自与免试注官。任子年及二十，听赴铨试。其试不中或不能试，选人满三岁许注官，惟不得入县令、司理、司法。任子年及三十方许参注，若年及三十授官，已及三年，出官亦不用试。若秩入京朝，即展任监当三年，在任有二人荐之，免展。选人应改官，必对便殿。旧制，五日一引，不过二人。至是，待次者多，有逾二年乃得引。帝闵其留滞，诏每甲引四人以便之。
帝因论郡守，谓宰臣曰：“朕每思祖宗百战得天下，今州郡付之庸人，常切痛心。卿辈谓何如而得选任之要？”文彦博请择监司而按察之。陈升之曰：“取难治剧郡，择审官近臣而责以选才，宜可得也。”
初置审官西院，磨勘武臣，并如审官院格，而旧审官曰东院。御史中丞吕公著言：“英宗时，文臣磨勘，例展一年，至少卿、监止。武臣横行以上及使臣，犹循旧制，固未尝如文臣有所节抑也。又仁宗时，尝著令，正任防御、团练以上，非边功不迁。今及十年尝历外任，即许转，亦未如少卿、监之有限止也。”诏两制详定。王珪等言：“文武两选磨勘，已皆均用四年。请今自正任刺史以上，转官未满十年，若有显效者自许特转，其非次恩惟许改易州镇，以示旌宠。有过，则比文臣展年。”从之。知审官西院李寿朋言：“皇城使占籍者三十余员，多领遥郡，而尚得从磨勘，迁刺史、团练防御使。每进一级，增奉钱五万，廪粟杂给如之，实为无名。请于皇城使上别置二使名，视前行郎中，量给奉禄。其遥郡刺史、团练防御使，并从朝廷赏功擢用，更不序迁。”诏：“遥郡刺史、团练防御使，并以十年磨勘，至观察留后止。应官止而有功若特恩迁者，不以法。”
诸司使副，每磨勘皆用常制，虽军功亦无别异，而阁门内侍辈，转皆七资。帝谓：“左右近习，非勋劳而得超躐，至尝立功者乃无优迁，非制也。”使副尝有军功应转，许特超七资，阁门通事舍人、带御器械、两省都知押班、管干御药院使臣七资超转法，皆除之。后客省、引进、四方馆各置使二员，东、西上阁门共置使六员，客省、引进、阁门副使共八员。副使靡勘如诸司使法。使有阙，改官及五期者，枢密院检举。历阁门职事有犯事理重者，当迁日除他官；阁门、四方馆使七年无私过，未有阙可迁者，加遥郡；特旨与正任者，引进四年转团练使，客省四年转防御使：皆著为定制焉。
先是，御史乞罢堂选，曾公亮执不可。王安石曰：“中书总庶务，今通判亦该堂选，徒留滞，不能精择，宜归之有司。”帝曰：“唐陆贽谓：“宰相当择百官之长，而百官之长择百官。‘今之审官，苟得其人，安有不能精择百官者哉？“元丰四年，堂选、堂占悉罢。
初，有司属职卑者不在吏铨，率命长吏举奏。都水监主簿李士良