遂罢贺礼。及硃玫传首至，乃御楼受俘馘。是月，蔡贼孙儒陷河阳，诸葛仲方奔归汴州，别将李罕之出据泽州，张全义据怀州。
三年春正月乙亥朔，车驾在兴元府。制以邠州都将王行瑜检校刑部尚书，兼邠州刺史、邠宁庆节度使。保銮都将李鋋检校司空、黔州刺史、黔中节度观察使；扈跸都头李茂贞为检校尚书左仆射、洋州刺史、武定军节度使；扈跸都头杨守宗为金州刺史、金商节度等使；保銮都将陈珮检校尚书右仆射，为宣州刺史、宣歙观察使。兵部侍郎、诸道租庸使张浚本官同平章事。
二月乙巳朔，润州牙将刘浩、度支使薛朗同谋逐其帅周宝，刘浩自称留后。
三月乙亥朔。甲申，车驾还京，次凤翔。以宫室未完，节度使李昌符请驻跸，以俟毕工。河中械送伪宰相裴彻、郑昌图，命斩之于岐山县。太子少师致仕萧遘赐死于永乐县。以特进、监修国史、门下侍郎、吏部尚书、平章事孔纬领诸道盐铁转运使。以集贤殿大学士、中书侍郎、兵部尚书、平章事杜让能进封襄阳郡公，增食邑三千户。四月甲辰朔，扬州牙将毕师铎自高邮率戍兵攻扬州，下之，囚高骈于别室，自总军政。蔡贼秦贤攻汴州，周列三十六砦。硃全忠乞师于兗郓，硃瑾率师来赴，屯封禅寺，硃瑄屯静戎镇。
五月甲戌朔。乙亥，秦宗权自率众来应秦贤。壬午，郓、兗、汴三镇之师大破蔡贼于边孝村，宗权退走。孙儒闻秦贤败，尽驱河阳之人杀之，投尸于河，焚烧闾井而去。王师收孟、洛、许、汝、怀、郑、陕、虢等州。诏以扈驾都头杨守宗权知许州事，汴将孟从益权知郑州事。诸葛爽旧将李罕之自泽州收河阳，怀州刺史张全义收洛阳。扬州牙将毕师铎召宣州观察使秦彦入扬州，推为节度使。
六月癸卯朔。戊申，天威军都头杨守立与李昌符争道，麾下相欧。上命中使谕之，不止，是夜严兵为备。己酉，守立以兵攻昌符，战于通衢。昌符兵败，出保陇州，命扈驾都将李茂贞攻之。甲寅，河中牙将常行儒杀其帅王重荣，推重荣兄重盈为兵马留后。丙辰，太常礼院奏：“太庙十一室，并祧庙八室，孝明太后等别庙三室，自车驾再幸山南，并经焚毁，神主失坠。今大驾还京，宜先葺宗庙神主，然后还宫。”遂诏修奉太庙使宰相郑延昌修奉。是时，宫室未完，国力方困，未暇举行旧制，延昌请权以少府监大为太庙。太庙凡十一室，二十三间，间十一架，今监五间，请添造成十一间，以备十一室之数。敕曰：“敬依典礼。”七月壬申朔，陇州刺史薛知筹以城降李茂贞，遂拔陇州，斩李昌符、昌仁等，传首献于行在。丙子，制以武定军节度使、检校尚书左仆射，兼洋州刺史、御史大夫、上柱国、陇西郡公、食邑一千五百户李茂贞检校司空、同平章事，兼凤翔尹、凤翔陇右节度等使。
九月辛未朔，淮南节度使高骈为其牙将毕师铎所杀。杨行密急攻广陵，蔡贼秦宗权遣其将孙儒将兵三万渡淮，争扬州，城中食尽。
十一月，秦彦、毕师铎溃围奔于孙儒军，行密入据扬州。秦彦引孙儒之兵攻广陵，行密遣使求援于硃全忠。制授全忠检校太尉、侍中，兼扬州大都督府长史，充淮南节度观察等使、行营兵马都统。汴将李璠率师至淮口以援之。十二月己巳朔，东川节度使顾彦朗、壁州刺史王建连兵五万攻成都，陈敬瑄告难于朝，诏中使谕之。
文德元年春正月己亥朔，车驾在凤翔。制故凤翔陇右节度观察处置等使、检校司徒、同平章事，兼凤翔尹、上柱国、荥阳郡开国公、食邑三千户郑畋赠司徒，谥曰文昭。蔡贼孙儒斩秦彦、毕师铎于高邮。
二月己巳朔。壬午，车驾在凤翔至京师。魏博军乱。逐其帅乐彦祯。彦祯子相州刺史从训率众攻魏州，牙军立其小校罗宗弁为留后，出兵拒之。从训求援于汴，硃全忠遣将硃珍渡河赴之。戊子，上御承天门，大赦，改元文德。宰相韦昭度兼司空，孔纬、杜让能加左右仆射，进阶开府仪同三司，并赐号“持危启运保乂功臣”。张浚兼兵部尚书，进阶开府仪同三司。左右神策十军观军容使、左金吾卫上将军、左右街功德使、上柱国、弘农郡开国公杨复恭进封魏国公，加食邑七千户，赐号“忠贞启圣定国功臣。”以保銮都将、黔中节度使李鋋检校司徒、平章事，保銮都将陈珮检校司空、广州刺史、岭南东道节度使。籓镇诸侯，进秩有差。宰臣韦昭度率文武百僚上徽号曰圣文睿德光武弘孝皇帝。
三月戊戌朔，正殿受册。庚子，上暴疾。壬寅，大渐。癸卯，宣制立弟寿王杰为皇太弟，勾当军国事。是夕，崩于武德殿，圣寿二十七，群臣上谥曰惠圣恭定孝皇帝，庙号僖宗。其年十二月，葬于靖陵。
史臣曰：恭帝冲年缵历，政在宦臣，惕励虔恭，殷忧重慎。属世道交丧，海县横流，赤眉摇荡于中原，黄屋流离于遐徼，黔黎涂炭，宗社丘墟。而犹籓垣多仗义之臣，心腹有尽忠之辅，驱驾豪杰，号令军戎，终诛伏莽之徒，大雪失邦之耻。而令孜一为谬计，几丧丕图，虽如线之仅存，固棼丝之莫救。茫茫禹迹，空悲文命之艰难；赫赫宗周，竟坠文王之基业。非僖皇失道之过，其土运之穷欤？悲夫！
赞曰：运历将穷，人君幼冲。尘飞巨盗，波骇群雄。天既降丧，人罕输忠。回銮返正，禁旅之功。“)