及北讨，庆之副玄谟向确磝，戍主弃城走。玄谟围滑台，庆之与萧斌留确磝，仍领斌辅国司马。玄谟攻滑台，积旬不拔。虏主拓跋焘率大众南向，斌遣庆之率五千人救玄谟。庆之曰：“玄谟兵疲众老，虏寇已逼，各军营万人，乃可进耳；少军轻往，必无益也。”斌固遣令去，会玄谟退，斌将斩之，庆之固谏乃止。太祖后问：“何故谏斌杀玄谟？”对曰：“诸将奔退，莫不惧罪，自归而死，将至逃散。且大兵至，未宜自弱，故以攻为便耳。”
萧斌以前驱败绩，欲死固确磝。庆之曰：“夫深入寇境，规求所欲，退败如此，何可久住。今青、冀虚弱，而坐守穷城，若虏众东过，青东非国家有也。确磝孤绝，复作硃修之滑台耳。”会诏使至，不许退，诸将并谓宜留，斌复问计于庆之。庆之曰：“阃外之事，将所得专，诏从远来，事势已异。节下有一范增而不能用，空议何施。”斌及坐者并笑曰：“沈公乃更学问。”庆之厉声曰：“众人虽见古今，不如下官耳学也。”玄谟自以退败，求戍确磝，斌乃还历城，申坦、垣护之共据清口。庆之乘驿驰归，未至，上驿诏止之，使还救玄谟。会虏已至彭城，不得向北，太尉江夏王义恭留领府中兵参军。拓跋焘至卯山，义恭遣庆之率三千拒之，庆之以为虏众强，往必见禽，不肯行。太祖后谓之曰：“河上处分，皆合事宜，惟恨不弃确磝耳。卿在左右久，偏解我意，正复违诏济事，亦无嫌也。”
二十七年，使庆之自彭城徙流民数千家于瓜步，征北参军程天祚徙江西流民于南州，亦如之。二十九年，复更北伐，庆之固谏不从，以立议不同，不使北出。是时亡命司马黑石、庐江叛吏夏侯方进在西阳五水，诳动群蛮，自淮、汝至于江沔，咸罹其患。十月，遣庆之督诸将讨之，诏豫、荆、雍并遣军，受庆之节度。三十年正月，世祖出次五洲，总统群帅，庆之从巴水出至五洲，谘受军略。会世祖典签董元嗣自京师还，陈元凶弑逆，世祖遣庆之还山引诸军。庆之谓腹心曰：“萧斌妇人不足数，其余将帅，并是所悉，皆易与耳。东宫同恶不过三十人，此外屈逼，必不为用力。今辅顺讨逆，不忧不济也。”众军既集，假庆之征虏将军、武昌内史，领府司马。世祖还至寻阳，庆之及柳元景等并以天下无主，劝世祖即大位，不许。贼劭遣庆之门生钱无忌赍书说庆之解甲，庆之执无忌白世祖。
世祖践阼，以庆之为领军将军，加散骑常侍，寻出为使持节、督南兗、豫、徐、兗四州诸军事、镇军将军、南兗州刺史，常侍如故，镇盱眙。上伐逆定乱，思将帅之功，下诏曰：“朕以不天，有生罔二，泣血千里，志复深逆，鞠旅伐罪，义气云踊，群帅仗节，指难如归。故曾未积旬，宗社载穆，遂以眇身，猥纂大统。永念茂庸，思崇徽锡。新除使持节、散骑常侍、都督南兗、豫、徐、兗四州诸军事、镇军将军、南兗州刺史沈庆之，新除散骑常侍、领军将军柳元景，新除散骑常侍、右卫将军宗悫，督兗州诸军事、辅国将军、兗州刺史徐遗宝，宁朔将军、始兴太守沈法系，骠骑谘议参军顾彬之，或尽诚谋初，宣综戎略；或受命元帅，一战宁乱；或禀奇军统，协规效捷，偏师奉律，势振东南。皆忠国忘身，义高前烈，功载民听，诚简朕心。定赏策勋，兹焉攸在，宜列土开邑，永蕃皇家。庆之可封南昌县公，元景曲江县公，并食邑三千户。悫洮阳县侯，食邑二千户。遗宝益阳县侯，食邑一千五百户。法系平固县侯，彬之阳新县侯，并食邑千户。”又特临轩召拜。又使庆之自盱眙还镇广陵。
孝建元年正月，鲁爽反，上遣左卫将军王玄谟讨之，军溯淮向寿阳，总统诸将。寻闻荆、江二州并反，征庆之入朝，率所领屯武帐岗，甲仗五十人入六门。鲁爽先遣弟瑜进据蒙茏，历阳太守张幼绪率军讨瑜，值爽至，众散而反。乃遣庆之济江讨爽。爽闻庆之至，连营稍退，自留断后。庆之与薛安都等进与爽战，安都临阵斩爽。进庆之号镇北