成帝咸和三年，苏峻覆乱京都，温峤等入伐，立行庙于白石，告先帝先后曰：“逆臣苏峻，倾覆社稷，毁弃三正，污辱海内。臣亮等手刃戎首，龚行天罚。惟中宗元皇帝、肃祖明皇帝、明穆皇后之灵，降鉴有罪，剿绝其命，翦此群凶，以安宗庙。臣等虽陨首摧躯，犹生之年。”咸康七年五月，始作武悼皇后神主，祔于庙，配飨世祖。成帝崩而康帝承统，以兄弟一世，故不迁京兆，始十一室也。康帝崩，京兆迁入西储，同谓之祧，如前三祖迁主之礼。故正室犹十一也。穆帝崩而哀帝、海西并为兄弟，无所登降。咸安之初，简文皇帝上继元皇帝，世秩登进。于是颍川、京兆二主，复还昭穆之位。至简文崩，颍川又迁。孝武皇帝太元十六年，改作太庙，殿正室十六间，东西储各一间，合十八间。栋高八丈四尺，堂基长三十九丈一尺，广十丈一尺。堂集方石，庭以砖。尊备法驾，迁神主于行庙。征西至京兆四主，及太子太孙，各用其位之仪服。四主不从帝者之仪，是与太康异也。诸主既入庙，设脯醢之奠。及新庙成，帝主还室，又设脯醢之奠。十九年二月，追尊简文母会稽太妃郑氏为简文皇帝宣太后，立庙太庙道西。及孝武崩，京兆又迁，如穆帝之世四祧故事。安帝隆安四年，以孝武母简文李太后、帝母宣德陈太后祔于宣郑太后之庙。
元兴三年三月，宗庙神主在寻阳，已立新主于太庙，权告义事。四月，辅国将军何无忌奉送神主还。丙子，百官拜迎于石头。戊寅，入庙。安帝崩，未及禘，而天禄终焉。
宋武帝初受晋命为宋王，建宗庙于彭城，依魏、晋故事，立一庙。初祠高祖开封府君、曾祖武原府君、皇祖东安府君、皇考处士府君、武敬臧后，从诸侯五庙之礼也。既即尊位，及增祠七世右北平府君、六世相国掾府君为七庙。永初初，追尊皇考处士为孝穆皇帝，皇妣赵氏为穆皇后。三年，孝懿萧皇后崩，又祔庙。高祖崩，神主升庙，犹从昭穆之序，如魏、晋之制，虚太祖之位也。庙殿亦不改构，又如晋初之因魏也。文帝元嘉初，追尊所生胡婕妤为章皇太后，立庙西晋宣太后地。孝武昭太后、明帝宣太后并祔章太后庙。
晋元帝太兴三年正月乙卯，诏曰：“吾虽上继世祖，然于怀、愍皇帝，皆北面称臣。今祠太庙，不亲执觞酌，而令有司行事，于情礼不安。可依礼更处。”太常华恆议：“今圣上继武皇帝，宜准汉世祖故事，不亲执觞爵。”又曰：“今上承继武帝，而庙之昭穆，四世而已。前太常贺循、博士傅纯以为惠、怀及愍宜别立庙。然臣愚谓庙室当以客主为限，无拘常数。殷世有二祖三宗，若拘七室，则当祭祢而已。推此论之，宜还复豫章、颍川，全祠七庙之礼。”骠骑长史温峤议：“凡言兄弟不相入庙，既非礼文。且光武奋剑振起，不策名于孝平，豫神其事，以应九世之谶；又古不共庙，故别立焉。今上以策名而言，殊于光武之事，躬奉烝尝，于经既正，于情又安矣。太堂恆欲还二府君以全七世，峤谓是宜。”骠骑将军王导从峤议。峤又曰：“其非子者，可直言皇帝敢告某皇帝。又若以一帝为一世，则不祭祢，反不及庶人。”于是帝从峤议，悉施用之。孙盛《晋春秋》曰：“《阳秋传》云，’臣子一例也’。虽继君位，不以后尊，降废前敬。昔鲁僖上嗣庄公，以友于长幼而升之，为逆。准之古义，明诏是也。”
穆帝永和二年七月，有司奏：“十月殷祭，京兆府君当迁祧室。昔征西、豫章、颍川三府君毁主，中兴之初，权居天府，在庙门之西。咸康中，太常冯怀表续奉还于西储夹室，谓之为祧，疑亦非礼。今京兆迁入，是为四世远祖，长在太祖之上。昔周室太祖世远，故迁有所归。今晋庙宣皇为主，而四祖居之，是屈祖就孙也。殷袷在上，是代太祖也。”领司徒蔡谟议：“四府君宜改筑别室，若未展者，当入就太庙之室。人莫敢卑其祖，文、武不先不窋。殷祭之日，征西东面，处宣皇之上。其后迁庙之主，藏于