七月，广陵侨民硃盛、张象潜结兵袭齐刺史温仲邕，遣使来告，高祖率众济江以应之。会齐人来聘，求割广陵之地，王僧辩许焉，仍豹高祖，高祖于是引军还南徐州，江北人随军而南者万余口。承制授高祖使持节、散骑常侍、都督南徐州诸军事、征北大将军、开府仪同三司、南徐州刺史，余并如故。及王僧辩率众征陆纳于湘州，承制命高祖代镇扬州。十一月，湘东王即位于江陵，改大宝三年为承圣元年。湘州平，高祖旋镇京口。三年三月，进高祖位司空，余如故。
十一月，西魏攻陷江陵，高祖与王僧辩等进启江州，请晋安王以太宰承制，又遣长史谢哲奉笺劝进。十二月，晋安王至自寻阳，入居朝堂，给高祖班剑二十人。四年五月，齐送贞阳侯深明还主社稷，王僧辩纳之，即位，改元曰天成，以晋安王为皇太子。初，齐之请纳贞阳也，高祖以为不可，遣使诣僧辩苦争之，往返数四，僧辩竟不从。高祖居常愤叹，密谓所亲曰：“武皇虽磐石之宗，远布四海，至于克雪仇耻，宁济艰难，唯孝元而已，功业茂盛，前代未闻。我与王公俱受重寄，语未绝音，声犹在耳，岂期一旦便有异图。嗣主高祖之孙，元皇之子，海内属目，天下宅心，竟有何辜，坐致废黜，远求夷狄，假立非次，观其此情，亦可知矣。”乃密具袍数千领，及锦彩金银，以为赏赐之具。九月壬寅，高祖召徐度、侯安都、周文育等谋之，仍部列将士，分赏金帛，水陆俱进。是夜发南徐诌讨王僧辩。甲辰，高祖步军至石头前，遣勇士自城北逾入。时僧辩方视事，外白有兵。俄而兵自内出，僧辩遽走，与其第三子頠相遇，俱出阁，左右尚数十人，苦战。高祖大兵寻至，僧辩众寡不敌，走登城南门楼。高祖因风纵火，僧辩穷迫，乃就擒。是夜缢僧辩及頠。丙午，贞阳侯逊位，百僚奉晋安王上表劝进。十月己酉，晋安王即位，改承圣四年为绍泰元年。壬子，诏授高祖侍中、大都督中外诸军事、车骑将军、扬南徐二州刺史，持节、司空、班剑、鼓吹并如故。仍诏高祖甲仗百人，出入殿省。
震州刺史杜龛据吴兴，与义兴太守韦载同举兵反。高祖命周文育率众攻载于义兴，龛遣其从弟北叟将兵拒战，北叟败归义兴。辛未，高祖表自东讨，留高州刺史侯安都、石州刺史杜棱宿卫台省。甲戌，军至义兴。丙子，拔其水栅。秦州刺史徐嗣徽据其城以入齐，又要南豫州刺史任约共举兵应龛、载，齐人资其兵食。嗣徽等以京师空虚，率精兵五千奄至阙下，侯安都领骁勇五百人出战，嗣徽等退据石头。丁丑，载及北叟来降，高祖抚而释之。以嗣徽寇逼，卷甲还都，命周文育进讨杜龛。十一月己卯，齐遣兵五千济渡据姑孰。高祖命合州刺史徐度于冶城寺立栅，南抵淮渚。齐又遣安州刺史翟子崇、楚州刺史刘仕荣、淮州刺史柳达摩领兵万人，于胡墅渡米粟三万石、马千匹，入于石头。癸未，高祖遣侯安都领水军夜袭胡墅，烧齐船千余艘，周铁虎率舟师断齐运输，擒其北徐州刺史张领州，获运舫米数千石。仍遣韦载于大航筑城，使杜棱据守。齐人又于仓门水南立二栅以拒官军。甲辰，嗣徽等攻冶城栅，高祖领铁骑精甲，出自西明门袭击之，贼众大溃。嗣徽留柳达摩等守城，自率亲属腹心，往南州采石，以迎齐援。十二月癸丑，高祖遣侯安都领舟师，袭嗣徽家口于秦州，俘获数百人。官军连舰塞淮口，断贼水路。先是太白自十一月丙戌不见。乙卯出于东方。丙辰，高祖尽命众军分部甲卒，对冶城立航渡兵，攻其水南二栅。柳达摩等渡淮置阵，高祖督兵疾战，纵火烧栅，烟尘张天。贼溃，争舟相排挤，溺死者以千数。时百姓夹淮观战，呼声震天地。军士乘胜，无不一当百，尽收其船舰，贼军慑气。是日嗣徽、约等领齐兵水步万余人，还据石头，高祖遣兵往江宁。据要险以断贼路。贼水步不敢进，顿江宁浦口，高祖遣侯安都领水军袭破之，嗣徽等乘单舸脱走，尽收其军资器械。己未，官军四面攻城，自辰讫